原索动物是脊索动物门原始的一群。幼体或成都体育学院保留着脊索。脊索具有弹性，能弯曲，不分节，是构成骨胳的最原始中轴。种类少，全部海生。分为口索动物、被囊动物亚门、头索动物亚门三亚门。

原索动物Protoxhordata是被囊动物亚门(被囊动物亚门,如海鞘、樽海鞘纲)和头索动物亚门(头索动物亚门,如文昌鱼〔amphioxus〕)动物的统称；原索动物与脊索动物门的另一个亚门(脊椎动物〔Vertebrata〕)相似，有一中空的背神经索、鳃裂以及脊索(一条质硬的支持身体纵轴的棒状结构，脊柱的前身)。与脊椎动物的主要区别是没有脊柱骨。现生的原索动物与脊椎动物由同一祖先演化而来。关于脊椎动物如何演化，普遍接受的理论主要有两种。一种理论推测其祖先营固著生活，可以像羽鳃类(pterobranch)，但幼体不特化，适於在大洋中浮游而达到性成熟；由此演化出的类型丧失随后的固著阶段，脊椎动物即由这一自由游泳的动物演化而来。另一种相近的理论出现较晚，假设脊索动物门由一小类化石种类Mitrata属演化而来。

脊索动物是动物界最高等的一门。成体或幼体背侧有一脊索，故名。分口索动物、被囊动物亚门、头索动物亚门、脊椎动物等四亚门。其中前三个亚门合称“原索动物”。

口索动物也称“半索动物门”。脊索动物门的一亚门。体呈蠕虫状，左右对称。仅接近口部有脊索的形迹。身体前端吻部有起源于体腔的水腔。例如柱头虫和玉钩虫。

（Balanoglossus misakiensis）殖翼柱头虫科。体柔软，呈长柱形，分吻、领和躯干三部分。长达40厘米。全身黄色，极柔软，容易切断。定居海滩泥沙中，穴外堆土常有碘臭。产于我国青岛市一带。

玉钩虫（Dolichoglossus hwangtaoensis）也称“黄岛长吻柱头虫”。玉钩虫科。与柱头虫相似，但体较短，吻较长。产于我国青岛一带海中，国家二级保护动物。

被囊动物亚门也称“被囊动物亚门”。脊索动物门的一亚门。少数自由生活的，终生具有脊索的尾部，如海樽、纽鳃樽等；固着生活的，仅幼体具有脊家的尾部，成体尾部退化消失，如海鞘等。

海樽（Doliolum）海樽科。体小呈桶状，被囊透明，可通过被囊看到内部构造。有性生殖或出芽生殖。多为单体。在海面营漂浮生活。

海鞘尾索动物的许多属、种。排泄孔在口的附近。单体或由无性出芽而成群体。有性生殖的幼体形似蝌蚪，游泳时期极短，固着外物后尾部退化，遂成固着生活的成体。海产。例如柄海鞘（Styela）被囊带白色。玻璃海鞘（Ciona），体呈圆柱形，被囊透明

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头索动物亚门也称“无头动物”。脊索动物门的一亚门。体呈鱼形，头部分化不明显，终生具有脊索。咽部的壁贯穿许多鳃裂，由围鳃腔孔与外界相通。种类少，代表动物是文昌鱼。

头索动物亚门（头索动物亚门）是一类终生具有发达脊索、背神经管和咽鳃裂等特征的无头鱼形脊索动物门。脊索不但终生保留，且延伸至背神经管的前方，故称头索动物。又因本亚门动物都缺乏真正的头和脑，所以又称无头类。头索动物亚门分布很广，遍及热带和温带的浅海海域，其中尤以北纬48°至南纬40°之间的沿海地区数量较多。它们对底质要求比较严格，通常仅局限在有机质含量低的纯净粗砂和中砂中。生活时身体埋入砂中，仅前端外露，用以进行呼吸和滤食水体中的硅藻。仅1纲，即头索动物亚门（Cephalochorda），通称文昌鱼，其得名于厦门同安区刘五店海屿上的文昌阁，这里是我国最先发现文昌鱼群的地方。相传古代文昌市皇帝骑着鳄鱼过海时，在鳄鱼口里掉下许多小蛆，当这批小蛆落海之后，竞变成了许多巨骨舌鱼样的动物，让后代渔民得以捕此鱼为生，所以为纪念文昌帝君，故取名文昌鱼。文昌鱼营养丰富、肉质鲜嫩，因此遭到大量捕捞，我国曾盛产文昌鱼的厦门刘五店海域种群数量经处于濒危境地，现为国家二级保护动物，已建立厦门文昌鱼自然保护区。

文昌鱼（Branchiostoma belcheri）别称“蛞蝓鱼”。文昌鱼科。形似小鱼侧扁，两端尖。头端有眼点，下为前庭及口，前庭外缘有须多条。有背鳍、尾鳍和臀鳍。身体腹面有一对皮褶。栖息海底，通常钻在泥沙里，仅露出头瑞。以浮游生物为食。分布于我国厦门市、青岛市和烟台市沿海，以厦门为最多。是无脊椎动物进化至脊椎动物的过渡类型，在学术上有重要意义。可供生物学数学和研究用，并供食用。