云南省国家税务局成立于1994年，机构设置、干部管理、人员编制、经费开支由国家税务总局垂直管理，属于正厅（局）级国家机关，省局机关内设25个处级机构（办公室、人事处、教育处、监察室、巡视工作办公室、机关党委办公室、机关工会、离退休干部处、国家税务总局货物和劳务税司处、所得税处、征管和科技发展处、纳税服务处、收入规划核算处、财务管理处、督察内审处、政策法规处、大企业和国际税务管理处、稽查局、信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、注册税务师管理中心、税务学会、云南省省税务干部学校、《中国税务报》社驻云南记者站），下设16个州、市国家税务局，137个县、市、区国家税务局和215个税务分局。

2018年6月15日，国家税务总局云南省税务局举行挂牌仪式，原云南省国家税务局、云南省地方税务局正式合并。

主要负责云南省境内的增值税、消费税、企业所得税、储蓄利息个人所得税和车辆购置税的征收和管理。

一、贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，并结合云南省实际情况，研究制定具体的实施办法；

二、根据云南经济发展规划，研究制定本系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施。

三、根据经济税源和国家税务总局下达的税收计划，编制、分配和下达本系统税收收入计划并组织实施。

四、负责本地中央税、中央地方共享税种的征收管理和稽查工作；负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作。

五、负责监督检查本系统的税收执法情况；负责税务行政处罚听证、行政复议和诉讼工作。

六、负责本地进出口税收和涉外税收的管理工作。

七、负责本系统的税收会计、统计工作。

八、负责本系统经费、财务、基本建设和资产管理工作，负责审计和政府采购工作。

九、负责本系统机构、编制和人事管理工作。

十、负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设，负责教育培训管理工作。

十一、负责本系统的纪检、监察工作。

十二、负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。

十三、研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态。组织税法宣传工作。

十四、承办国家税务总局和云南省委、省政府交办的其他工作。

（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。

（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。

（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。

（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和省委、省政府提供决策参考。

（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。

（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。

（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。

（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。

（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。

（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。

（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。

（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。

（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。

（十四）完成国家税务总局和省委、省政府交办的其他工作。

2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。