葡萄牙王位继承战争（英文：War of the 葡萄牙语 Succession）。自1578年马哈赞河之战葡王塞巴斯蒂昂一世阵亡后。葡萄牙迅速掀起了王位争。1580年西班牙国王腓力二世出兵葡萄牙决定将其合并。1580年6月下令圣克鲁斯侯爵指挥一支部队从海上，阿尔瓦公爵指挥一支部队从陆地开往葡萄牙。这时，安东尼奥在里斯本、塞巴图尔等地称王。阿尔瓦公爵率领的部队击溃了安东尼奥的抵抗。1581年4月，葡萄牙议会在托马尔召开会议，王公大臣宣誓拥戴腓力二世为葡萄牙国王。同年7月，腓力二世·奥古斯都到达里斯本。从此，葡萄牙本土归属西班牙哈布斯堡王朝，但直属卡斯蒂利亚王国。 1582年圣克鲁斯侯爵指挥的舰队在蓬塔德尔加达海战打败了支持安东尼奥的法国、英国、荷兰组成的联合舰队。为占领亚速尔群岛奠定基础。1583年随着西班牙征服亚速尔群岛，葡萄牙及其海外领地已全部归到腓力二世的领导下。

1568年，年满14岁的葡萄牙国王塞巴斯蒂昂一世开始亲政。但是，他的身体和精神上都患有疾病，很少过问政事，整日沉湎于占领和扩张基督教的梦幻里。他的头等大事是占领摩洛哥。到1578年夏季才准备好一支侵略军。这支军队缺乏战斗力，纪律松弛，组织涣散。葡萄牙军队在阿尔拉西登陆后，在塞巴斯蒂昂一世的率领下直接向南挺进。行至凯比尔堡附近，与摩洛哥苏丹阿卜杜勒·马利克的军队交锋，因塞巴斯蒂昂一世指挥无方和伙食问题兼长途行军和烈日酷暑导致军队疲惫不堪，十分脆弱。加之摩洛哥的军队作战凶猛，葡萄牙军队被彻底击败。马哈赞河之战成为葡萄牙历史上最惨痛的战役。葡萄牙经此一击，既失去了国王，又失去了军队，还丧失了国家绝大部分的动产。

在塞巴斯蒂昂一世死后，他的叔父红衣主教恩里克登基，即恩里克一世。但是恩里克一世年迈多病，难以理政。从此围绕葡萄牙王位继承问题开始了激烈的斗争。当时，有有资格竞争王位的有三个候选人，分别是西班牙国王腓力二世·奥古斯都、布拉干萨公爵卡塔丽娜和路易斯亲王的私生子安东尼奥。当时葡萄牙议会分为两派，多数贵族和高级僧侣以及官僚、商人支持腓力二世，摄于哈布斯堡王朝的强大，甚至连布拉干萨公爵也被迫支持腓力二世。而广大平民则强烈表示反对，并立即宣布安东尼奥为葡萄牙国王，以此同腓力二世抗衡。

1580年1月，随着恩里克一世逝世，腓力二世夺取葡萄牙王位的决心更加坚定，同年6月便开始出兵葡萄牙，至此葡萄牙王位继承战争已经开始。

1580年6月，阿尔瓦公爵率领西班牙军队深入葡萄牙境内，直抵巴达霍斯。坚固的埃尔瓦斯要塞和奥利文扎要塞先后不战而降。经由扎塔斯山谷通往里斯本的道路已经打通。为配合西班牙陆军的行动，圣克鲁斯侯爵率领一支西班牙舰队在7月8日从加的斯省港出发，沿海岸北上，也没有费什么力气就占领拉古什和塞图巴尔尔等沿岸城市。7月下旬，安东尼奥在圣塔伦宣布自己为葡萄牙国王，随后里斯本、圣塔伦、塞图巴尔等地表示拥戴。8月，西班牙军队海陆并进在塔古斯河河口的海湾汇合，海军出色的将两万多人运送到北岸，此时西班牙军队距离里斯本只有不到30公里的距离。里斯本的唐·安东尼奥虽不乏支持者和资源，但时间过于紧迫而来不及采取有效措施救亡图存，他也无力阻止有贵族和部队不断向阿尔法公爵投降。

8月25日，安东尼奥在里斯本以西10英里的阿尔坎塔拉沿着山谷和河面组织了最后的防线，但无论是陆地还是水面，西班牙军队都没有给对手任何机会，守军不出意料的被击溃。当晚，里斯本主动向西班牙军队开城投降。

在阿尔坎塔拉之战中受伤的安东尼奥一路北逃，陆续在萨卡文、科英布拉收拾残部，聚集党徒，最后进入波尔图足球俱乐部，试图继续组织反西班牙的事业。阿尔瓦公爵很清楚，安东尼奥本身并没有多少威胁，但恐惧于西班牙势力不断增长的法国和英国显然会通过那位葡萄牙国王给西班牙制造麻烦。现在需要的是雷霆手段，阿尔瓦公爵指示他在尼德兰时的老部下，此时已升任格拉纳达统领的桑乔·德·阿维拉率领部队登船，走海路北上直奔波尔图。10月底桑乔·德·阿维拉的骑兵在登陆后迅速突袭，迫使唐·安东尼奥离开了他最后的庇护所继续北逃，直到找到一艘英国船只把他运走。随着波尔图之战的结束，葡萄牙本土已被征服，这场军事行动前后时间不过4个月。1580年12月，腓力二世迁居到里斯本，将这里作为西班牙帝国的首都，第二年3月在此加冕为葡萄牙国王。虽然腓力二世允诺过，葡萄牙的国家机构将受到尊重。但是，葡萄牙人对当下局势的意义是清楚的。腓力二世说要保持两个王位各自分开，保持两个殖民大国各自分开，但实际上，葡萄牙已经失去了他的独立性。

1581年初，安东尼奥流亡到巴黎，受到凯瑟琳·德·梅第奇的热情欢迎。腓力二世·奥古斯都立即通过大使对此表示抗议，但法国国王亨利三世以这是太后的私人举动为借口而推脱了责任。然而西班牙的麻烦并不会因此而减少，通过贿赂给太后一大笔王室珠宝并许诺把巴西转让给法国，安东尼奥获得了太后表侄，法国步兵上将菲利波·迪·斯特罗齐的加盟。葡萄牙流亡政府同时还积极与英国接触，塞西尔、沃辛汉姆和德雷克、霍金斯等人都乐于帮助他们继续给腓力二世捣乱，但和法国一样，伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎不愿公开战争，只允许私人志愿参加。就这样，一支包含60多艘战舰，以法国人为主，荷兰、英格兰共和国和葡萄牙等多国志愿者组成的联合舰队集结起来，斯特罗齐担任总指挥。

此时，印度、巴西等葡萄牙海外领地已经陆续得到消息并归附了西班牙，只有亚速尔群岛中的七个岛屿仍奉安东尼奥为国王，拒绝归顺。亚速尔群岛位于西班牙的新大陆珍宝船队回程的必经之路上，位置不可谓不重要，1581年腓力二世的官员带着国王的特赦令和新的官员任命登岛，却受到了居民粗暴的欢迎。安东尼奥和法国人也看到了亚速尔群岛的价值，1582年6月斯特罗齐率领舰队从布列塔尼出航，打算制服亚速尔群岛中已忠于西班牙的圣米格尔和圣玛丽亚的两个岛屿，并以此为基地拦截西班牙珍宝船队。

得知这一行动，足智多谋、经验丰富的海军上将圣克鲁斯侯爵指挥舰队从里斯本出发迎战。此时的西班牙由于接收了葡萄牙王室建造的十余艘装备精良的马尼拉大帆船，拥有世界上最大最好的作战舰队。圣克鲁斯侯爵的船只数量虽然不及联合舰队，但吨位和火炮都要优于对手。西班牙舰队抵达的稍晚，法国人已经占领了圣米格尔岛。1582年7月24日，圣克鲁斯侯爵只能在劣势和下风处接受决战。在圣米格尔岛外围，战况非常激烈，经过险象环生的火炮对射和登船厮杀，西班牙人摧毁了安东尼奥的舰队。包括斯特罗齐在内的绝大多数俘虏都被作为海盗处死。

圣克鲁斯侯爵的胜利使亚速尔群岛大半易手，只有特塞拉岛在葡萄牙、法国、英国联合军的驻守下还在负隅顽抗。这一次，圣克鲁斯回到了哈布斯堡人狮子博兔的惯常战略，他集结了15000多人的部队和近百艘战舰，在1583年8月以一次干净利落的海陆联合作战一举收复该岛。安东尼奥幸运的再次得以逃脱，尽管在以后的岁月里通过英西战争英格兰共和国与西班牙战争的机会借助英格兰的力量继续与腓力二世争夺葡萄牙王位，但随着英格兰在科伦纳·里斯本远征的惨败，使安东尼奥失去夺取葡萄牙王位的最后一线希望。

兼并葡萄牙后，腓力二世的战略优势已无可匹敌，世界所有24个时区都有他的领地， “太阳总在照耀我”，“世界不足我欲”，“超越黄道线”这类目中无人但又并不夸张的格言在纹章、书籍和纪念币的设计中处处可见。腓力二世·奥古斯都不断试图让别国放心。然而，就像后世所有令人担忧的霸权一样，西班牙的优势已如此之大，即使它的每一步行动都只是为了维持现状，为了实现其合法权利，看起来都不可避免的威胁和损害了邻国的安全。干涉法国，打击英格兰共和国和荷兰已经不再是单一战区层级的战略目标，只有统一协调的大战略对策才能确保这三个目标的实现，保证天主教信仰的胜利和对大西洋的控制，这是腓力二世及西班牙政府在今后的几十年中一直面临的课题。

伊比利亚半岛的联合，并不意味着葡萄牙失去自身的身份。腓力二世在托马尔会议上签署了二十五条。尽管规定葡萄牙和西班牙的对外政策是共同一致的，但它保证了葡萄牙享有许多自治权。国家行政管理权完全掌握在葡萄牙人手里。采取了一些对葡萄牙有利的改革，如取消边境上关税壁垒，这对于卡斯蒂利亚小麦的出口时非常有利的，同时立即向葡萄牙提供一笔借款以应急的开支，供赎回在摩洛哥被俘的葡萄牙人。葡萄牙人也被允许前往西班牙帝国，在内地旅游观光。另外1581年内，西葡签订《八项和平条款》，规定葡萄牙原有属地可以同西班牙各属地间进行自由贸易，反之则不适用。以此为据，葡萄牙可以同西班牙、秘鲁和马尼拉自由通商，而马尼拉输往中国的商品必须经过澳门并由葡萄牙人装运。从此葡萄牙垄断了澳门-马尼拉航线。

不过，葡萄牙上层和广大人民对于西班牙的占领和统治一直存在不满和反抗。腓力二世对少数地区采取镇压和安抚结合的政策，加之当时葡萄牙贵族腐败无度，国家财政困难，不得不依靠腓力二世来支撑国家的基本开支，所以腓力二世在葡萄牙的统治基本是稳固的。