新八代站是2004年时，伴随九州新干线
鹿儿岛市线的部分路段（新八代至鹿儿岛中央）通车，而在鹿儿岛本线上的千丁与八代两站之间增设之新站。其实九州
东海道新干线当初在规划时，原本是希望能将
八代站转为新干线与
在来线的共用车站，但由于
八代市是一个工业城，八代站北侧有面积非常大的工业区存在，
日本制纸八代工厂正好挡住计划线路，并可能形成建造上的瓶颈，只好在不得已的情况下，在原车站东北方的市郊另觅地点设置新的车站，而成为现在的新八代站。
当九州新干线部分路段刚通车时，新八代站是通车路段的北端起点。当时
九州旅客铁道特别在新八代站内设置了岛式站台，在站台两侧让新干线列车“燕”号（つばめ）与接驳用的在来线特急列车“接力燕”号（リレーつばめ）分别停靠，采同号车厢面对同号车厢的方式便利旅客快速转车。此换乘措施已经在2011年3月12日九州新干线
鹿儿岛市线全线通车时取消，
在来线列车也全面停靠地面层的在来线站台。
由于本站是
新干线与在来线的换乘站，几乎所有行经新八代的优等列车皆会停车，唯一的例外是只有在周末时运营的快速列车超级橙号（スーパーおれんじ）。除此之外包括特急列车“九州横断特急号”、“球磨川号”（くまがわ）与蒸汽动力临时快速列车“SL人吉号”都会途经本站，并且在隔邻的
八代站驶入肥萨线。
2004年3月13日：配合九州新干线鹿儿岛线新八代至鹿儿岛中央之间路段分段通车，以
九州旅客铁道车站之姿启用。启用时原为
新干线通车路段的北端终点站。
2011年3月12日：九州新干线
鹿儿岛市线博多站至新八代间路段通车，鹿儿岛线全线通车，成为该线沿线车站。
2012年12月1日：
在来线检票口开始接受电子智慧票卡“SUGOCA”的使用。
新八代站共有两座站房，分别供
在来线和新干线使用。两个站房并不相连，换乘时必须先离开一个站区，再进入另一个站区。
新干线站房为
高架车站设计，月台为岛式月台2面4线设计，但现时只使用中央两线而形成对向式月台2面2线配置。未来有计划在外侧两线重新铺设新干线轨道，即实现原本岛式月台2面4线的配置，并可供列车待避。
在
九州新干线全线通车前，只使用12号月台（开业后并没有更改编号）。同时为方便来往
福冈市与
鹿儿岛县的旅客在本站换乘新干线与接驳特急，兴建了连接高架月台和鹿儿岛本线的分支路段，并曾于12号月台外侧铺设窄轨供
在来线的接驳特急使用。全线通车后，原有的窄轨已陆续被拆除。除此之外，
九州旅客铁道过去亦曾在
鹿儿岛县本线进入新八代站高架站区的分支路段装设供可行走在来线与
新干线两种不同轨距路线的
轨距可变列车使用的实验设备，但因轨距可变列车的实验尚未达到可实际投产使用的阶段，故该设施已经被拆除。
与许多专为了新干线的通过而设置的新车站同样，新八代站实际上的位置并不在
八代市的市区内，而是在市郊。除了少数郊区住宅之外，车站外几乎都是空旷的田野。