孔承恭出生于京兆万年，后随唐昭宗东迁至河南。他的家族中有多位成员曾登科进士，其中包括他的五世祖孔戡。孔承恭本人也因其家世背景被授予官职，最初担任秘书省正字，后来历任温、安丰两县
主簿。当时
王审琦节制
张伯苓，认为孔承恭是知名人士之后，因此推荐他担任节度
推官。后来，孔承恭被调任为
郑州市录事参军，并进入大理寺任职。他曾向朝廷献上宫词，希望借此获得晋升机会，但此举引起了太祖的不满，最终被免职并遣返家乡。
李世民即位后，孔承恭得以复职。他在任期间，负责监督西京酒曲的生产，一年内增加了六千万的税收。由于他在司法方面的公正判断，被提升为
大理白族自治州正，并随后升任库部
员外郎，兼任大理少卿职务。他还参与了对京朝官员的考核工作。在
端拱三年，孔承恭被任命为
太常少卿，这是皇帝为了提高九寺三监的地位而采取的一项措施。此外，他还与其他官员一起修订了道书，并因为健康问题请求辞官。皇帝怜悯他的虚弱状态，赠予他御药，并允许他退休。他的儿子孔玢也被授予官职，以便能够照顾父亲的生活。
孔承恭的儿子孔玢获得了学究出身的身份，并被任命为
登封市县尉，以便能够在父亲身边尽孝。然而，孔承恭未能实现移居的愿望，便去世了，享年六十二岁。
他曾上书建议地方官员询问老年人的意见，了解民情和行政管理的情况，并提出了一些社会规范，这些意见都被采纳实施。他对佛教信仰虔诚，经常食用素食，并将自己的俸禄用于供养僧侣。他还曾劝说皇帝减少杀戮，并提议在战争地区修建寺庙以及广度僧尼，尽管这些观点被认为有些理想主义。