公司成立于1992年5月，股票于1993年7月在上海证券交易所挂牌交易，股票代码为“600666”，成为上市公司，现为国家大型医药制剂企业，麻醉药品定点生产厂家，有员工人数1400余人，各类专业技术人员338人，公司占地11.7万平方米，资产总额4.07亿元，有主要生产检测设备1120余台（套），主要生产片剂、水针剂、粉针剂、输液剂、冻干剂、酊水剂及麻醉品。
公司先后被评为全国医药行业优秀企业，
中国医药投资有限公司五十强，连续七年荣获“
重庆市工业企业五十强”称号。2019年12月13日，2019重庆企业100强名单发布，西南药业股份有限公司排名第83位。
西南药业股份有限公司是中国化学医药重点企业、全国麻醉药品定点生产厂家。
新中国成立前，系
中国国民党中央制药厂和中央卫生署麻醉药品经理处；1950年3月，西南军政委员会卫生部正式批准成立重庆制药厂，后改名为西南制药三厂。
1992年3月，在全国医药行业中，率先进行股份制试点，5月13日定名为“西南药业股份有限公司”。1993年7月12日，公司股票在上海
证券交易所挂牌上市，为我国第二家医药
上市企业。
本公司系经
重庆市体制改革委员会渝改委（1992）34号文批准，由西南制药三厂于1992年5月进行股份制改造，同年11月9日正式成立。成立时股本为6,561万股，其中国家股4,741万股，法人股100万股，个人股1,720万股。1993年7月，公司股票获准在上海证券交易所挂牌上市。
西南药业股份有限公司收到国家药品监督管理局关于异烟注射液（2ml：0.1g）的《补充申请批件》，西南药业异烟肼注射液（2ml：0.1g）通过仿制药质量和疗效一致性评价。
西南药业股份有限公司收到国家药品监督管理局关于注射用
头孢唑林钠（0.5g、1.0g）的《补充申请批件》。
1965年9月，拓荒的第一代合药人来到中国西部最美丽的城市----
重庆市。从此，揭开了合药人首次创业、建设、发展的华章。2003年7月，锐意改革的方正人来到了合药，在重庆市政府的大力支持下，成功实现了
北大方正集团有限公司重组合药的历史性变革，开始了艰苦卓绝的二次创业。在“方方正正做人，实实在在做事”的方正文化指引下，在方正集团“统一财务，统一投资管理，统一人事，
统一品牌管理，统一内控”的集团企业管理要求下，新合药人有信心，并且有能力通过自身的努力，将合药建设成为结构合理，技术质量先进，环保达标，化学药、生物药、植物药协调发展的高科技企业集团。
生产、销售（限本企业自产）片剂（含青霉素类、头孢菌素类、激素类）、胶囊剂（含青霉素类、头孢菌素类）、颗粒剂、粉针剂（青霉素类、头孢菌素类）、冻干粉针剂、大容量注射剂（多层共挤输液袋、玻璃输液瓶）、小容量注射剂（含激素类、抗肿瘤类）、口服溶液剂、糖浆剂、酊剂、软胶囊剂、滴丸剂（含外用）、原料药（扎来普隆、
盐酸托烷司琼、盐酸西布曲明、
双氯芬酸钾、
利福昔明、那格列奈、
辛伐他汀、
盐酸伐昔洛韦、
氟西汀、盐酸特比芬）、麻醉药品、精神药品、药品类易制毒化学品（有效期至2015年12月21日），销售
化工原料（不含化学危险品）、包装材料。经营本企业自产产品及技术的出口业务和本企业所需的机械设备、零配件、原辅材料及技术的进口业务，但国家限定公司经营或禁止进出口的商品及技术除外（按资格证书核定的事项从事经营），房地产开发。
“创中国药业的世界品牌，为民族争光，为人类健康作贡献，全面协助客户、企业和员工实现成功体验”是新合药的企业宗旨；“以纵向一体化为主，以化学合成药物的研究、开发、生产和出口为主”是新合药的企业发展战略；“诚信”与“创新”是新合药的企业核心价值观。
2020年12月，经
重庆市食品药品检验检测研究院检验，标示为西南药业股份有限责任公司生产的青霉素V钾片（批号180605）检查（有关物质）不符合规定。
2022年7月31日，
太极集团有限公司晚间公告，广东省药品监督管理局于2022年7月29日发布《广东省药品监督管理局关于药品抽查检验信息的通告(2022年第4期)》，其中公司
控股子公司西南药业生产的
苄青霉素V钾片（批号：201103）有关物质检测不合格。