异养菌（heterotrophic bacteria）该类菌必须以多种
有机化合物为原料，如
蛋白质、
糖类等，才能合成菌体成分并获得能量。异养菌包括腐生菌（saprophyte）和寄生菌（parasite）。
异养菌数量在污染压力下异养菌数量的改变和污染的性质有着密切的联系。一般来说，当含有可以被细菌利用的有机物的污水如生活污水、食品工业废水、屠宰厂废水进入水体后可使异养细菌数量大大增加。在排污口附近，异养细菌的数量就相当惊人。
以有机物氧化所产生的化学能作为能源的为化能异养菌，可分为:(1)腐生菌，寄居在无生命有机体上，与自然界的物质循环有密切关系，此类菌可引起食物腐败；(2)寄生菌，寄居于活体内(动物、植物、人类)，人类的病原菌属此类。有的细菌，如
麻风分枝杆菌，只能在活细菌内寄生，称为低
养菌。
微生物的主要食物是各种含碳的物质，它们身体主要是用碳元素构成的，其含量占微生物体细胞干物质质量的一半。不同的微生物对碳物质的需求不一样。有的微生物必须依赖于植物，先把各种简单的
无机化合物转变成有机碳的化合物之后才能利用。这种专靠吃现成的
有机化合物的微生物称为异养菌。虽然异养菌都吃有机物，但口味也各有所好。有的专拣
麦芽糖、葡萄糖吃，有的还可心吃
蛋白质、
有机酸。也有的对其他生物所厌恶的石油却吃得津津有味。还有许多
霉菌专吃动物或植物的尸体。
属于营腐生生活的微生物。它们从已死的动、植物或其他有机物吸取养料，以维持自身正常生活的一种生活方式。很多细菌和真菌属于此类。如
枯草芽孢杆菌、
根霉、
青霉、蘑菇、木耳等。以腐生方式生活的微生物，如按其所需要的氮源、碳源来分，则属于化能异养型微生物。是一类靠动植物尸体和腐败物质的有机质为生的有机体。腐生菌分泌多种酶可从体外消化这些有机质，然后吸收所形成的低分子量化合物。腐生菌包括许多真菌和细菌。腐生菌菌群(TGB)极其普遍地存在于石油、化工等工业领域的水循环系统中,其繁殖时产生的粘液极易因产生氧浓差而引起电化学腐蚀,并会促进
硫酸盐还原菌(SRB)等
厌氧微生物的生长和繁殖,有恶化水质、增加水体粘度、破坏油层和腐蚀设备等多重副效反应。腐生细菌大大促进了自然界的生物循环。