1991年3月中国国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与中共中央台湾工作办公室，列入
中共中央直属机构序列；1993年8月31日，国务院台湾事务办公室和国务院新闻办公室发表《台湾问题与中国的统一》
白皮书；1996年1月30日，中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室，在北京人民大会堂举行江泽民主席《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》重要讲话发表两周年座谈会；2014年2月，国台办和台湾方面的
台湾大陆委员会在共同确认“
九二共识”的政治基础上建立了常态化联系沟通机制，实现了两部门负责人的多次互访；2022年8月10日，国务院台湾事务办公室、国务院新闻办公室发表《台湾问题与新时代中国统一事业》白皮书。
国务院台湾事务办公室遵循党中央和国务院制定的方针、政策，负责管理、指导、协调国务院
有关部门和省、市、自治区人民政府在经济、科技、教育文化等方面涉台事务；对各部门、各地区贯彻执行中央、国务院方针、政策的情况进行督促检查，组织制定涉台事务的有关政策和规定。
1991年3月国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与中共中央台湾工作办公室
一个机构两块牌子，列入
中共中央直属机构序列；1993年8月31日，国务院台湾事务办公室和国务院新闻办公室发表《台湾问题与中国的统一》
白皮书。白皮书第一次系统地论述了台湾问题的由来及现状，阐明了中国政府关于台湾问题的原则立场和基本方针；1994年12月27日电，国务院台办发言人就台湾当局负责人连战关于“现阶段的两岸关系是以经贸为主轴”的讲话发表谈话；1996年1月30日，中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室，在北京人民大会堂举行江泽民主席《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》重要讲话发表两周年座谈会。
2000年2月，国务院台湾事务办公室、国务院新闻办公室发表《一个中国的原则与台湾问题》
白皮书，全面系统地向
国际社会阐述了中国政府坚持一个中国原则的立场和政策；2002年1月30日，国务院台办在钓鱼台大酒店举行了2002年第一次新闻发布会，发言人张铭清就1月24日钱副总理讲话的精神及两岸关系的发展等问题回答了中外记者的提问；2003年3月20日，国务院台湾事务办公室和民政部联合颁布《台湾同胞投资企业协会管理暂行办法》；同年12月国务院台湾事务办公室发布《以民为本，为民谋利，积极务实推进两岸“三通”》的政策说明书。
2014年2月，国台办和台湾方面的
台湾大陆委员会在共同确认“
九二共识”的政治基础上建立了常态化联系沟通机制，实现了两部门负责人的多次互访；2022年8月10日，国务院台湾事务办公室、国务院新闻办公室发表《台湾问题与新时代中国统一事业》白皮书。
6、会同有关部门统筹协调和指导对台经贸工作和两岸金融、文化、学术、体育、科技、卫生等各个领域的交流与合作,以及两岸人员往来、考察、研讨等工作,国际会议的涉台工作。
根据工作职责，中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室内设12个局级机构，分别是：秘书局、综合局、研究局、新闻局、经济局、港澳涉台事务局、交流局、联络局、法规局、投诉协调局、政党局，机关党委（人事局）。机关纪委与机关党委（人事局）
合署办公。
2023年11月29日，国务院台湾事务办公室举行例行新闻发布会。发言人陈斌华在回答记者提问时表示，希望广大台湾同胞认清利害、明辨是非，坚决反对“台独”，推动两岸关系重回和平发展正确轨道。