中国交响乐发展基金会成立于1994年7月6日，是在党和国家领导人直接关怀和支持下，由周巍峙、
吴祖强、
李德伦、
严良堃、
吕骥、
李焕之等老一辈艺术家积极推动下在北京成立。
中国交响乐发展基金会的成立得到了时任总书记江泽民的高度关注，他曾强调“我们的时代需要高雅艺术”，并对基金会的审批工作进行了亲笔批示。万里同志应邀担任基金会名誉会长，周巍峙出任会长，吴祖强担任常务副会长，李德伦担任艺术顾问。1995年9月，基金会资助了国内
室内乐小组前往
法国参加国际音乐交流活动。1997年，吴祖强接替周巍峙成为中国交响乐发展基金会理事长。同年5月，基金会承办了文化部教育司、艺术局主办的“97全国室内乐（木管、铜管重奏）比赛”。2002年5月1日，为了庆祝中美建交20周年，基金会在北京剧院主办了一场名为“中美友好之声音乐会”的盛大演出，这场音乐会是由中美两国的音乐团体联合呈现的。2004年11月，郭珊当选为中国交响乐发展基金会第三届理事会理事长。2005年7月，中国交响乐发展基金会交响乐团联盟正式成立，初始成员为全国19家交响乐团，截至当时已扩展至40个交响乐团。2007年3月16日，基金会召开了2007年年会，会上讨论了如何推进中国交响乐事业发展的问题，并提出了一系列建设性意见。2008年4月29日至5月2日，由
青岛交响乐团倡议，基金会主办的“
奥运会会倒计时100天大型交响音乐会”在青岛举行，共有30个乐团的100多名乐手参与，共同演奏了奥运主题曲目。
2017年3月14日，民政部发布通告，根据《
社会组织评估管理办法》的相关规定，由于中国交响乐发展基金会在2014年和2015年的年度检查中表现不佳，民政部对其作出了降低评估等级的处理。同时，民政部要求基金会尽快退回原有的评估等级证书和牌匾，并换发新的相应等级证书和牌匾。如果基金会拒绝退回或更换，民政部将宣布原有证书和牌匾无效。