万历三年(1575)他在兵部给事中任上时,塞外少数民族上层分子窥视中原,威胁明廷。守边官员拟以招降纳叛、釜底抽薪之法,以削弱其统治力量。萧彦则力陈异议,认为此举会损伤民族之间的感情,妨害中央与边疆的关系。他的意见受到明廷的重视并被采纳。他视察陕边四镇防务后,上疏奏陈训兵、储饷等十事,也受到明廷重视。他在户部给事中任上时,认真执行“丈量法”,使延、宁二镇入籍土地增加万余顷。按例入籍土地五年后须加赋,萧彦以地多砂,流民初聚为由,奏准朝廷延缓加赋,惠泽地方。明廷曾乘金、珠
停市机会,搜括民财。对此,萧彦又力陈“不当虚外府以实内库”,但事涉皇家利益而遭拒绝。他对明廷以催科多寡作为考核官员政绩的规定,认为是有损民力,导致流亡,提出“宽一分,民受一分之赐”的建议,得部议允。他任
贵州省巡抚时,及时平定地方兵变,改善中缅之间的关系。