纯合子（英语：homozygote），亦称同型合子或纯合体，在遗传学上，指的是二倍体生物的某个基因座上拥有相同的等位基因，而基因型和基因的表现型也是完全相同和对等。例如“AA”“OO”。同源染色体在同一基因座上的两个等位基因相同的基因型个体。一对相对基因有AA和aa两种基因型的个体，二对相对基因则有AABB，AAbb，aaBB，aabb四种基因型的个体，这种状态称为同型。原则上纯合子不会由于自交而分离出具有不同遗传因子的个体，因而可以用这种方法加以确定。全部基因都是同型的个体为纯系，通过反复自交或同系交配进行选择，可以得到纯合子。纯合子分为两类：显性纯合子和隐形纯合子。其中显性纯合子是指同源染色体上同基因座上的两个等位基因完全相同显性基因的个体。隐形纯合子是指同源染色体上同基因座上的两个等位基因完全相同隐性基因的个体。因此基因型如AAbb类的物种不能算作是纯合子，是纯和类型的杂合子。在遗传学的研究中，纯合子的概念对于理解基因的遗传模式和预测后代的基因型具有重要意义。

由于二倍体携带的每个基因都有两因型的个拷贝，如果它们携带的同一个基因的两个等位基因相同，这样的二倍体生物或细胞就是纯合子 。

纯合子不会由于自交而分离出具有不同遗传因子的个体，因此，育种材料总是纯合的，保持其性状不变。杂合子自交可以得到纯合子。

纯合子分为两类：显性纯合子和隐形纯合子 。

显性纯合子是 指同源染色体上两个显性等位基因型完全相同的个体，全部用大写字母表示，如AA和AABB。隐形纯合子是 指同源染色体上两个隐性等位基因型完全相同的个体，全部用小写字母表示，如aa和aabb。