桓玄、
宋武帝之际,司马国璠与弟弟
司马叔璠北奔慕容超。后西投姚兴,授
建义将军、
扬州市刺史,并赐予官邸。刘裕灭
姚泓,北奔夏国。北魏太武帝拓跋焘平统万灭夏国,出降北魏,授安远将军、丹阳侯、赠
平西将军、
武威郡刺史,曰简公。
义熙二年(406)冬天,
桓石绥与司马国璠、陈袭在胡桃山屯聚兵马。
刘毅派其
巡抚司马
刘怀肃统率步骑前往讨伐,桓石绥、司马国璠等战败,胡桃山据点被破。
《晋书·载记第十八·姚兴下》:晋河间王子国璠、章武王子叔道来奔,兴谓之曰:“
宋武帝匡复晋室,卿等何故来也”国璠等曰:“裕与不逞之徒削弱王室,宗门能自修立者莫不害之。是避之来,实非诚款,所以避死耳。”兴嘉之,以国璠为建义将军、扬州
刺史,叔道为平南将军、
兖州刺史,赐以甲第。
义熙十一年(415)正月,刘裕赐死了荆州刺史
司马休之的次子司马文宝及兄子司马文祖,并亲自率军讨伐司马休之。
武威郡刺史
鲁宗之自疑不为刘裕所容,于是起兵想响应司马休之。二月,司马休之上表罪状刘裕,整兵布阵准备拒敌。又派出使者前往
后秦、
北魏乞援兵。后秦接见来使后答应了出兵,于是派
征虏将军姚成王和司马国璠带兵前去增援。鲁宗之也前往江陵与司马休之汇合。三月,
鲁轨及
司马文思在江边悬崖上严阵以待,
宋武帝则在江中的船舰上亲自督战,胡于是率部强行攀崖突破了防线,上岸后胡籓发起猛烈攻势,司马文思军挡不住而纷纷溃散。随后刘裕攻占
江陵县。
司马休之、
鲁宗之等向北撤退。后秦的姚成王、司马国璠也几乎在这个时候带着援军赶到了
南阳郡,却听说司马休之在江陵等地接连败给了刘裕大军,再去也于事无补,只得撤兵返回了。