筑後船小屋站的前身，是原本座落于筑后市大字津岛401番地的在来线车站船小屋，2011年3月12日配合九州新干线全线通车，船小屋车站也向南牵址约500米以配合新干线的路线。合并后的新车站是一个可在新干线与在来线（鹿儿岛县本线）之间直接转车的接驳车站，并同步改名为筑后船小屋。

在营运上，隶属于新干线部分的站区是九州旅客铁道直接经营的直营车站，但在来线的站区却是委托由JR九州的子公司、九州交通企画所经营的业务委托车站。

在筑后船小屋停靠的新干线列车，主要是以只行驶九州新干线范围的燕号列车为主，至于由新大阪发车的山阳、九州新干线直通列车中，仅有一小部分的樱号列车会在本站停车。至于在来线列车部分，在本站还没牵址改名之前，船小屋车站原本只是个仅有普通列车停靠的小站而已，但由于目前肩负了两系统间的转车需要，行驶于鹿儿岛县本线上的快速列车皆会在此停靠。然而比较特殊的是，行驶于鹿儿岛县本线上的特急列车“有明”因为用途不同，并没有在本站停车。

筑后船小屋的站名是由“筑后”与“船小屋”两部分组成。其中前者是车站所在地、福冈县南部地方在令制国时代的古国名、筑后国，也是今日的市名。至于“船小屋”则起源于江户时代，在矢部川的堤防上建有很多船库（小屋），用来停放进行工事时使用的工程船，因而逐渐转变为当地的地名

筑後船小屋站内有两栋站房，其中一栋由新干线专用，另一栋则是配合在来线路线修改而新设的在来线专用站房。两站房之间相距约50米，设有新干线检票口作为区隔。

配合全线高架化的新干线路线，新干线站房采高架车站设计，站内设有一座单条乘车线的侧式月台，与一座设有两条乘车线的岛式月台。为了安全考量新干线月台上都设有月台幕门。

至于在来线的部分则是设有一对相对式月台共两线乘车线，月台之间以跨线人行天桥连结。在车站迁建之前，船小屋站内原本设有一胶囊式的简易站房，是过去日本国铁熊本铁道管理局下辖的车站中一种很常见的设计。