西南大学药学院，成立于2006年4月30日，位于重庆市北碚区西南大学南区内，是西南大学二级学院。现任院长为付志锋。

学院坚持“以人为本、学术立院、突出特色、崇尚创新”的办学理念，笃信“今天的学生是明天的领袖和校友（Today’s students are tomorrow’s leaders and alumni）”。有药学专业博士后科研流动站（2014年），药学一级学科博士学位授权点，“生物与医药”专业学位博士授权点，有药学、中药学学术硕士学位授权点，有中药学和生物与医药专业硕士学位授权点，有药学和制药工程二个本科专业，其中“远志”药学全英文创新实验班于2019年单独招生。教师队伍中，有国家级人才2人、国家级青年人才5人，教育部新世纪人才3人，重庆市市杰青4人，重庆市青年拔尖人才2人，重庆市百人计划1人，重庆市名师名家1人，“巴渝学者”特聘教授4人，重庆英才-优秀科学家1人。

2023年7月，李学刚教授团队曾获得2022年度重庆市科技进步奖一等奖。

1994年，学院开始研究生人才培养。次年开始本科人才培养，成为国家首批培养“生物制药”专业人才的5个单位之一、教育部批准（2012）的全国14个药学和中药学与生物制药类专业人才培养的《国家级药学实验教学示范中心》之一、全国首批（2014）2个国家级药学虚拟仿真实验教学中心之一。1997年创办药学专业本科专业、2001年创办化工制药本科专业。2000年开始培养生物药物分析方向科学硕士和博士研究生，2003年获得《药用资源化学》博士和《微生物与生化药学》科学硕士学位授予权， 2005年获得《药物分析学》科学硕士授予权。

2006年4月，根据医药与大健康产业发展的社会需求，调整分属不同学院的药学和制药工程学科专业组建西南大学药学院。2010年获准培养《制药工程》领域专业硕士，2011年获得《中药学》一级学科科学硕士学位授予权。2012年《中药学》一级学科被评为重庆市重点学科、《中药药理学》和《中药化学》被评为国家中医药管理局重点学科，《药用资源化学》博士点更名为《生物药学》点，授理学博士学位，同时招收《生物药学》硕士研究生。2014年获准《中药学》专业硕士，国家人事部批准设立药学一级学科博士后流动站。

学院有药学专业博士后科研流动站（2014年），药学一级学科博士学位授权点（2018年），“生物与医药”专业学位博士授权点（2021年），有药学（2018年）、中药学（2011年）学术硕士学位授权点，有中药学（2014年）和生物与医药（2011年）专业硕士学位授权点，有药学（2000年）和制药工程（1999年）二个本科专业，其中“远志”药学全英文创新实验班于2019年单独招生。2017年药学专业通过专业认证，2018年药学专业成为重庆市首批本科一流专业立项建设点。2019年药学专业获批国家级一流本科专业建设点；2021年制药工程专业获批国家级一流本科专业建设点。2019年《生物技术制药》获批重庆市精品在线开放课程；2020年《生物技术药物学》获批国家级一流本科课程；2020年《药物分析学》获批重庆市线下一流课程。药学学科已成为国家生物学一流学科的重要支撑学科、重庆市重点学科和西南大学一流培育学科。

学院有教职工94人，其中专任教师73名，包括教授27名、副教授29名；博士生导师18人、硕士生导师36人；71人具有博士学位，56人有海外留学或工作经历。教师队伍中，有国家级人才2人、国家级青年人才5人，教育部新世纪人才3人，重庆市市杰青4人，重庆市青年拔尖人才2人，重庆市百人计划1人，重庆市名师名家1人，“巴渝学者”特聘教授4人，重庆英才-优秀科学家1人。

学院坚持“以人为本、学术立院、突出特色、崇尚创新”的办学理念，笃信“今天的学生是明天的领袖和校友（Today’s students are tomorrow’s leaders and alumni）”。通过建设高水平的师资队伍和建立现代化的药学专业人才培养平台实施创新办学，努力造就未来（shape the next）。

学院每年招收普通本科学生180名左右，硕士研究生140名左右，博士研究生14名左右；有国家首次表彰的中医药高等学校教学名师1人，西南大学教学名师1人；有药学实验教学示范中心和药学虚拟仿真实验教学示范中心2个国家级实验教学中心。近五年，本科学生在“互联网+”大学生创新创业、““挑战杯”中国大学生创业计划竞赛”“全国药苑论坛”“制药工程杯”等全国性大赛中获一、二、三等奖共20余项，发表科研论文40余篇，研究生发表科研论文600余篇，其中SCI收录论文500余篇；研究生学术贡献连续多年位居全校前列，获得重庆市和校级优秀博士硕士论文20余篇；学院毕业生年终就业率90%以上，就业单位涵盖了国内知名制药企业；本科学生考研录取率达40%左右。

学院以国家“2011计划”为发展契机，依托重庆市新药创制产业技术创新联盟，以重庆市科委为指导、与重庆大学、重庆中药研究院、太极集团有限公司、重庆希尔安药业有限公司等为核心以及多家境内外合作单位形成了政产学研用协同体，“渝东北地区中药产业协同创新中心”因而成为西南大学首批6个2011协同创新中心之一（2012），也是重庆市教委批准成立的第二批“重庆市2011协同创新中心（2013）”。结合国家重大新药创制、三峡库区和武陵山经济协作区的特种药用资源，在药用植物资源、药用动物资源、药用微生物资源、药物制剂专业、生物医药分析方面做出了特色研究。

学院有教育部工程技术中心1个，重庆市高校创新团队2个，重庆市重点实验室和重庆市2011协同创新中心各1个，其他省部级科研平台5个，与企业合建工程技术研究中心2个。近五年，学院承担重点研发等国家省部级科研项目200余项，经费超过10000万元，发表SCI在内的高水平论文500余篇，获得发明专利80余项，新药临床批件3项，新兽药证书5个，新兽药国家标准6项。

学院先后与泰国孔敬大学药学院签署学术交流合作协议；与爱尔兰卡洛理工学院联合开展“3+1生物制药本科双学位联合培养项目”，已连续两年选派学生前往爱尔兰卡洛理工学院和泰国孔敬大学进行交换学习。随着对外交流合作的深入和发展，先后与美国、加拿大、澳大利亚、日本、香港特别行政区等国家和地区的高校、科研机构建立了长期友好合作关系，充分利用国际优质教育资源，加大国际化人才的培养力度。近5年来，先后有160余名学生赴美国、加拿大、爱尔兰、澳大利亚、泰国等国家攻读学位或短期交流。

学院在重庆重庆希尔安药业有限公司有限公司、重庆华邦制药股份有限公司、重庆科瑞制药有限责任公司和华森制药等20余家制药企业建立了研究生培养工作站和本科生实习实训基地，遍及重庆市各大区县和周边省份。为加快办学国际化，学院不断加大在海外进行师资培训的力度，加大派出本科生和研究生、接收来自海内外的本科生和研究生的力度，并探索研究生课程的全英文教学。与澳大利亚卧龙岗大学Illawarra保健与医学研究所(Illawarra Health and Medical Research Institute, University of Wollongong, Australia)、日本武藏野市大学药学研究所(Musashino University, Pharmaceutical Science Research Institute, Tokyo, Japan)、香港浸会大学中医药学院、华盛顿大学医学院等国际著名大学的学院和研究所建立了人才联合培养、师资培训与交流、科研项目与协同创新等形式多样的合作关系。