影片讲述了在西天取经五百年后，金翅大鹏出逃，天界大乱，三界生灵涂炭。为了拯救三界，
孙悟空化身除妖师“石生”，一路降妖除魔的故事。
《大圣伏妖》继承了《
孙悟空之真假美猴王》的
世界观，故事发生在
唐三藏师徒取经归来五百年后，此时
如来佛祖已经圆寂，金翅大鹏趁机作乱，给三界带来了巨大的灾难。在这一背景下，孙悟空为了拯救三界众生，携带
大日如来舍利转世为人，化身为除妖师"石生"（
樊少皇 饰）。
在
石生寻找并召集
沙和尚（Actor 饰）和朱悟能（
猪八戒）的过程中，他逐渐领悟到舍身取义的佛法真谛。最终，孙悟空在心灵上得到蜕变，恢复了真身，成功击败了作恶多端的蛤蟆精。随后，他踏上了打败金翅大新的。