1839年秋，随刑部侍黄郎树齐检查弹劾河北丰润知县
许翰一案，秉公进谏，处理得宜，
江西省道监察使，并署刑部给事中。1843年，台湾将军
达洪阿与
台湾道姚莹，多次击退入侵英军有功，反遭诬陷，传旨革职，雷三上奏，力主正义，终使达、姚免受冤罪。
太平军功克南京，清廷建江南、江北大营围困太平军。雷受命为江北营帮办军务大臣，驻扬州仙女庙。时清军军饷紧绌，雷用幕僚
钱江策，倡行厘金，遍设关卡，敛财以供军需。以后各省效尤，致使政府财政收入大增。如不是他推行钱江创设的“厘金制”，清廷
两江总督无着，恐早被太平天国倾覆了，雷以针因而声名大噪。太平军功克瓜州，雷被革职，留营效力。1854年以军功获三品顶戴，佐钦差大臣
陈金绶。1856年2月，太平军连克
镇江市、
扬州市、
浦口区，大破江北大营。统帅
托明阿，诿过于陈、雷救援不力，陈气愤至死，雷遭遣戊戌
伊犁哈萨克自治州。1858年赦还，给四品顶戴，授
陕西省按察使。后迁布政使。1859年授光绿禄卿，署刑部右侍郎。1862年，因替
户部尚书陈孚恩辩冤遭谤，次年回乡。后历任黄州河东书院主讲，汉口江汉书院山长，以“敦品力学，文行交修”为教学宗旨。1879年重宴鹿鸣还原衔。1882年获头品顶戴。后病逝。著有《大学圣经贯珠解》、《经传杂记》、《雨香书屋诗抄》等书。