从黄埔军校毕业后，任职于国民革命军的示范部队教导第1师，也就是后来的陆军第87师。1933年，以第87师、
国民革命军第八十八师一部新成立第36师，吴垂昆调任第36师师部的
少校参谋。
1941年，他再度进入军队，担任第114师副师长、第
中国人民志愿军第180师副师长。
回到
江西省后，成为了地方保安部队的一名军官。到1949年时，已经是江西省保安部队的前线指挥官了。
这一年，他的部队被改编为陆军第13师，使他再次成为一名正规军军官。并随这支部队参加了金门古宁头战役，而后去了
台湾省。吴垂昆到台湾后，担任军官战斗团团长、第10军副军长。1964年退休后，担任了电信总局顾问