该剧主要讲述了刑侦队发生意外事故，导致队长死亡和两名警员受伤。随后，接二连三发生了几起凶杀案，制药公司董事长方其东成为了案件重点嫌疑人，而他身上竟背负着深埋多年的秘密的故事。
刑侦队发生意外事故，导致队长死亡和两名警员受伤。为了充实力量，方欣（吴越饰）从扫毒组调到刑侦队，协助代理队长戴强（许亚军饰）进行工作。然而，在调查案件的过程中，戴强发现案件当事人与某制药公司有关。而该公司的董事长竟然是方欣的父亲方其东（
寇世勋饰）。为了帮助父亲摆脱困境，方欣全力协助戴强进行调查。 在这个过程中，方欣无意中发现戴强养了一只电子宠物，这改变了她对戴强的看法，使她对他产生了新的认识。随着他们共同办案的日子愈发增多，两人之间的默契也逐渐加深，方欣对戴强产生了一种莫名的情愫。 二十五年前，方其东年轻时从事科学研究工作，性格孤傲而偏激。他发现妻子有了外遇，方其东和兰姨（臧倩饰）共同杀死了妻子张菊的情人郑易聪，而后，张菊在生下了她和郑易聪的女儿方欣，但是，这次分娩却夺走了她的生命，临终时，她嘱托妹妹张兰(兰姨)一定要把方欣抚养成人。方其东多年来一直生活在自责和痛苦之中。方其东也因此放弃了科学事业，转投商海，并取得了成功。 然而，方其东的成功引起了某个势力集团的垂涎，他们派遣李枚（李芸饰）施利用美人计接近方其东，并偷取了他的药方。然而，李牧在与方其东接触的过程中，渐渐爱上了这男人。此时，兰姨年轻时的恋人吕建国（王长利饰）找到兰姨下落，正到方其东和兰姨担心警方会追着吕建国这条线挖出他们二十五年前犯下的罪行时，李玫雇小姚（陈笑飞饰）杀死了吕建国，接着，小姚又杀死了另一个可能泄露秘密的人瘸子。随着调查的深入，方欣和戴强逐渐接近了真相，但也陷入了无法解开的迷局。最后，案子终于破了，兰姨牺牲了自己来保护方其东的秘密，方其东杀死了深爱他的李枚，方其东最终被拘留。
张国华说：创作这部戏的初衷不是让观众单纯地去看公安如何破获案件，而是从人性出发，让观众看到人是怎么走上犯罪道路的。常言道：走错一步，步步错。每个人都有侥幸心理，如果最初能够勇敢面对错误，就不会越走越远。我们更想拷问人性的原罪，而不是简单讲述一个黑白关系的故事。
2004年04月10日，警匪剧《玫瑰花开》在北京深圳大厦举行了开机仪式，剧中三位主演———台湾实力派演员
寇世勋、内地青年演员
吴越和
许亚军出席了仪式。
正当北京的“非典”疫情日趋缓解之际，电视剧《玫瑰花开》剧组却集体住进了医院。《玫瑰花开》剧组人员进驻的医院，刚刚装修完毕，还未开业。剧组就是及时地利用这一时机，选择这家待业医院，进行集中拍摄。
拍摄《玫瑰花开》期间正值北京
严重急性呼吸综合征闹得人心惶惶的时候。去外景时有人堵着他们说，你们敢进来我就报警。不过那时候他们剧组特别团结，没有谁因为非典要请假什么的。最大的好处是街上没人，拍街道的戏时特别顺利。
吴越则大曝
寇世勋的趣事。为了帮助大家缓解恐慌，寇世勋只要不拍戏，就会给大家讲故事，结果剧组就养成了一个习惯，只要没事的人，都盯着寇世勋，只要他一休息，大家便围住他听他讲故事，大家都称寇世勋为“故事会会长”。
电视剧《玫瑰花开》打破了以往的定式，闯出了一条新路。本剧不以破案为单一视角，而将笔墨放在了人物身上，通过破案进程一步步揭开案件的成因和罪犯的犯罪历程。该剧既有警察破案的刺激戏码，又有亲情与法理的碰撞。
本剧避免了所谓
平民化的倾向，赋予了其现代气息，塑造了新时代锐意警察形象。（
新浪娱乐评）
这部戏的立意在于拷问人性的原罪，而不是简单讲述一个黑白关系的故事。应该说，在戏中既有一般警匪剧紧张、刺激的卖点，又有人性沉沦和复归、亲情与法理相碰撞的深刻寓意（新闻晨报评）