国立南昌大学原名国立中正大学，是一所公办大学，1940年在江西泰和县杏岭创建，直属教育部领导。首任校长为胡先骕，国立中正大学按照教与育并重的理念，本科实行学分制，修学期限为4年。

1949年8月1日，国立中正大学奉命改名为“国立南昌大学”。国立南昌大学成立后，蔡枢衡为临时校务委员会主任委员。1949年8月27日，国立南昌大学与多所学校合并组成“南昌大学”，并迁入南昌市。1950年，江西省政府决定，独立设置南昌大学，并从望城岗全部搬入新校址。1953年，全国高等院校大调整，南昌大学被拆分为多所学校或成为其他高校的组成部分。江西师范学院是国立南昌大学的直接继承者，国立南昌大学为江西师范学院的发展奠定了坚实的基础。

1940年，国立中正大学创办时设“3院9系”：文法学院、工学院、农学院。1949年，更名后的南昌大学，设政治学院、文学艺术学院、理学院、工学院、农学院，共有16个系。1949年9月26日，南昌大学开始招生，全校共招生2400人。

1934年夏，蒋介石与当时江西省政府主席熊式辉同游时产生了办大学的想法，熊式辉建议在江西创设“中正大学”。1936年，蒋拨款100万元，作为创办基金。中间因抗战被搁置。1939年5月，熊式辉在重庆邀请在川的专家学者讨论“中正大学”事宜，并组织成立了筹备委员会，校名拟定“江西省立中正大学”，同时确定校址为泰和县县杏岭。1940年初，中国国民党行政院通过决议，定校名为“国立中正大学”，直属教育部领导。同年10月初校长胡先骕到任，10月4日招收的第一届新生到校，1940年10月31日（校庆日）中正大学在江西泰和县杏岭正式开学。

在1940年创办之初，中正大学设“3院9系”：文法学院、工学院、农学院，其中农学院设有农艺系、畜牧兽医系和森林系，次年增设生物系。期间开办了三年制的师范专修科，分史地和物理化学；并办了二年制的行政管理专修科、税务专修科、土木工程专修科等。

1945年1月，因受日寇入侵泰和影响，国立中正大学本校、分校俱迁往宁都县长胜。1946年10月，国立中正大学迁往南昌新建区望城岗。1946年8月为加强本科生教育，停办了各类专修科。1948年扩大为“5院18系”：文学院、法学院、理学院、工学院和农学院。

1949年8月1日起，国立中正大学改名“国立南昌大学”。1949年8月27日，以‘八一’革命大学、国立南昌大学为基础，与原省立工专、农专、体专等合并组建为“南昌大学”,学校迁入南昌市内。1949年9月11日，经江西省教育厅呈报中南军政委员会教育部批准，“国立中正大学”正式更名为“南昌大学”。1949年9月26日，南昌大学开始招生，全校共招生2400人。开学时，省委书记陈正人、省政府主席邵式平亲临讲话。

1949年10月23日，南昌大学校部迁往松柏巷原省盐务局。次年2月，江西省政府决定，恢复八一革命大学，南昌大学独立设置，3月，将城东青山湖畔的老机场，以及青山湖东岸的一部分计100余公顷的地方划给南昌大学作为新的校址。至此，南昌大学从望城岗全部搬入新校址。

1953年，全国高等院校大调整，南昌大学的各个院系，先后分割给数省、市的十多个学校。如华中科技大学（华中科技大学前身）、江西农学院（江西农业大学前身）、江西师范大学（江西师范大学前身）。1958年江西大学和江西工学院成立，南昌大学又将其中一部分系科为生物系等，合并到了江西大学。江西师范学院是国立南昌大学的直接继承者，国立南昌大学为江西师范学院的发展奠定了坚实的基础。

1949年，江西省人民政府于6月中旬在南昌宣告成立。南昌市军管会派军代表农康带领军管小组来国立中正大学进行全面接管工作。同年6月23日他们成立了接管工作委员会，委员会由教授、副教授、讲师、助教代表各1人，学生代表2人，职员代表1人，工警代表1人组成。农康任主任委员。在接管委员会完成接管工作后，学校成立了“研究学习委员会”，行使学校的行政事务职权。主任刘乾才，副主任吴士栋、郭庆菜，委员由正副主任聘请。

1949年9月6日，南昌大学成立改革委员会，艾寒松、农康、魏东明、吴允中、蔡枢衡、刘乾才、郭庆菜、杨克毅等19人为委员，艾寒松、农康分别任正、副主任。

南昌大学初期，基本上沿用校、院、系三级建制，设有五个学院和一个专修科。文学院下设五个系：中国文学系、外国文学系、教育系(附设实验小学)、历史学系、地理学系。文学院在南昌大学与八一革命大学合并时，与八一革命大学的文艺部合组为文学艺术学院。法学院下设三个系：政治学系、经济学系、法律学系。法学院与八一革命大学合并时，与八一革大的研究部、民运部、教育行政部合组为政治学院。理学院下设五个系：数学系、物理系、化学系、动物学系、植物学系。工学院下设四个系和六个专科：电机工程学系(附设电厂)、机械工程学系(附设机械工厂)、土木工程学系、化学工程学系和土木工程科、机械工程科、化学工程科、采冶工程科、农业工程科、水利专修科。农学院下设五个系和一个专科：农艺学系(附设农场)、森林学系、病虫害学系、畜牧学系(附设牧场)、兽医学系和农艺科。体育专修科，设二、三、五年制。

1950年2月14日，江西省人民政府批准南昌市军事管制委员会申报意见，将南昌市城东青山湖畔的老飞机修配厂的东部约近千亩土地面积及其附属建筑物拨给南昌大学作永久校址。同年11月，省立江西水利专科学校并入南昌大学。南昌大学学校校址确定后，校部迁老飞机修配厂，文法学院、理学院、农学院也陆续迁入，工学院仍在书院街。

学校的校务委员会为全校最高权力机构，设委员会正、副主任及委员，并由教务长、总务长、各院院长及教授会、讲师和助教会、职工会、学生会、工警会等团体的代表组成。除了正、副主任、教务长、总务长、各院院长由人民政府任命外，各院的系主任和各院、处的职员均由校务委员会聘任。实行任命与聘任结合是当时人事制度的一个特点。

行政部门的设立：秘书处，下设人事室、文书组。教务处，下设生活指导组、体育组、出版组、注册组、图书组。总务处，下设庶务组、交通组(包括车队)、保管组、会计室、出纳组、医院以及南昌办事处。校务委员会下设办公室，另设有福利委员会、经济委员会(负责审核经费与生产)以及其他委员会。

1986年为纪念蒋中正台湾省宣布计划在嘉义筹建中正大学。1989年中正大学正式在台嘉义复校，为台湾四所中字辈大学（国立中央大学、国立中正大学、国立中山大学、国立中兴大学）之一，仅次于台湾顶尖级大学（国立台湾大学、国立清华大学、国立交通大学、成功大学）。