吴伟在浙江绿城开始职业足球生涯,2004赛季曾经是球队主力,后来成为球队后防线的主要替补球员,2006年跟随球队升级到
中国足球协会超级联赛。2007赛季曾经被用作前锋,并射进2球。2009年因不符合主教练
周穗安的战术要求被挂牌,无人问津后离开球队到
宁波大学学习,2010年回归
浙江绿城足球俱乐部。2012年1月,
日本教练
冈田武史成为球队新任主教练后,吴伟被放弃,未能得到球队续约。
2012年2月,在跟随
北京人和足球俱乐部短暂试训后,吴伟自由转会加盟球队。他在2012赛季联赛替补出场6次,球队获得联赛第四名并历史上首次获得2013年亚足联冠军联赛的参赛资格。2013赛季,他在联赛出场14次,跟随球队再次获得联赛第四名并获得
2013年中国足协杯冠军。
2014年1月,在冈田武史离队后,吴伟以自由身回归
浙江绿城足球俱乐部。