昆明军区的前身是中国人民解放军第二野战军第四兵团、第五兵团。全国解放前夕，这两个兵团向西南进军，第五兵团辖第16军、第17军、第18军由杨勇、苏振华指挥攻占了贵州。第四兵团辖第13军、第14军、第15军并指挥第38军的第114师和第151师由陈赓、宋任穷指挥攻占了云南。随后第五兵团改编为
贵州省军区，第四兵团改编为云南军区。
抗美援朝战争爆发后，第四兵团相当一部分机关干部和第15军编入
中国人民志愿军第三兵团赴朝作战。第五兵团则整编为三级军区（军级），原属该兵团之第16军调出编入中国人民志愿军，第17军则被撤销。
1955年，以云南军区为基础，组建昆明军区，辖云南军区和贵州军区，是当时全国12大军区之一。辖第13军（辖第37师、第38师、第39师）、第14军（辖第40师、第41师、第42师）、和驻贵州的第49师。谢富治
上将任军区司令员兼政治委员。
昆明军区组建后，一直驻守
云贵高原，担负保卫中国南疆，剿匪平叛的任务。曾多次粉碎
中国国民党李弥残部从“
金三角地区”地区的回窜，并曾应缅甸要求入缅境内进行勘界警卫作战，还多次平定少数民族地区的武装叛乱。
文化大革命爆发后，第13军奉命从云南开远北调
重庆市，接受第54军营区，转隶
中国人民解放军成都军区。成都军区第54军则调入昆明军区，接收第14军在
大理白族自治州地区的防务，第14军则调往云南开远接收第13军营区。
1969年，第54军北调
河南省，编入全军总预备队，转隶
中国人民解放军武汉军区。昆明军区以贵州第49师为基础组建第11军，董占林任军长。
1979年2月，昆明军区以第14军、第11军，并指挥成都军区第13军和第50军一部发起对越自卫还击作战西线作战。在开战前，军委决定武汉军区司令员杨得志与昆明军区司令员王必成对调，杨得志亲自指挥部队进入
越南西北作战。
1984年，昆明军区以第14军40师为主发起著名的对越“老山战斗”。第11军31师在师长廖锡龙指挥下对
者阴山守敌发起攻击，一举歼灭敌守军。