2017年12月20日，福建省政府、福州市政府与中国科学院在福州签署共建中国科学院大学福建学院协议。根据共建协议，中国科学院大学福建学院将建成国际上独具影响力的“一流的学院、一流的学科、一流的教师团队、一流的教学体系”，朝着小规模、有特色方向发展，每年输送毕业研究生500-700人，在满足区域发展的同时，辐射全国。
自2003年以来，中科院与
福建省签署了多轮院省合作协议。2017年3月中科院与福建省签订了新一轮深化科技合作协议，建设福建学院是落实双方战略合作的有力载体。
中国科学院大学福建学院以中科院海西研究院为牵头承办单位，为
中国科学院大学的直属
二级学院，以培养社会和经济发展急需人才为目标，建设一所多学科交叉融合、具有国际视野和国际影响力的
科学教育融合学院，引领和带动相关前沿学科发展，建立多元化的研究生培养体系，成为创新创业型科技人才培养基地、知识创新基地、国际合作与闽台交流基地、双创示范基地和人才聚集的高地。
中国科学院大学福建学院将聚焦
化学、物理、材料、资源与环境科学领域的核心问题和发展方向，首期建设物理科学学院（
福州市）、化学学院（福州）、材料学院（福州）、资源与环境学院（
厦门市）、双创学院和继续教育学院，未来根据需求新建其他学院。同时，中国科学院大学福建学院将围绕区域经济发展需求，依托中科院海西研究院建设
科技型中小企业育成平台、创新创业人才培训平台。