永宁土司与
丽江市土司存在一定血缘关系。早期永宁土司的辖境非常广大,位于今
四川省、云南、
西藏自治区交界处。后来永宁土司将
木里藏族自治县(今木里藏族自治县)分封给了一位
藏传佛教喇嘛;1710年,
康熙帝将左所、前所之地赐予永宁土司的亲戚,此后永宁土司辖境大为缩小。
1381年(
洪武十四年)永宁土司卜都各吉至明廷朝见。1406年(
永乐四年),明廷以其地设永宁府,隶属于四川布政使司;卜都各吉的后裔世袭永宁
知府之职。1659年,永宁土司归顺
清代,被允许继续世袭永宁知府之职。