崇祯元年(1628年)正月，颜继祖曾上疏论述工部冗员及三殿叙功的浮滥，由此裁去加秩和寄俸200余人，为国家节省一笔库财。他又上疏揭发
李鲁生、霍维华原是魏党成员，伪装清白，妄图在清理魏党中蒙混过关。经过多人相继弹劾，李鲁生被撤职，
霍维华被停职查办。
同年，颜继祖还为
大学士刘鸿训被魏党余孽反诬而申辩。刘鸿训曾出使
朝鲜，乘
海船归国，沿途收容难民，超载船沉。鸿训漂泊3日夜，只身生还。
天启六年(1626年)冬因反对
魏忠贤，被削职为民；到
崇祯元年(1628年)魏党倒台时起用为
礼部尚书兼
东阁大学士。上任后即揭发魏党李维垣、李恒发等11人，人心大快。但魏党余孽、
御史袁弘勋串同
锦衣卫张道濬，反诬刘鸿训早先出使朝鲜时贪污渎职，“满载貂参而归。”刘鸿训一时处于劣势，幸得继祖仗义执言，指斥袁弘勋混淆是非、张道濬越权乱政，都要严办。崇祯帝遂将袁弘勋撤职查办，提升继祖为工科右给事中。
崇祯三年(1630年)，颜继祖奉命巡视京城十六门堑，上疏列陈八事，弹劾监督
主事方应明旷职误事，方应明受到廷杖责罚。对于外城低薄，廷议要加高厚，继祖指出财政支绌难办，便停止实施。继祖升任吏科都给事中，又上疏陈述当时政事十大弊端，供朝廷作施政参考。后因丁忧，卸职归里服丧。
崇祯八年(1635年)颜继祖居丧服满，起复原职。又上疏建言：六部政事，掌握在尚书手里；六部各司的职务，掌握在正郎手里；侍郎、副郎、主事只有例行公事的份儿，没有发言余地。这样，无论国家大政、一般政务都只有少数人主张，一般官员都无发言权，政治哪能不坏？再如督抚大员获罪的很多，主要由于督抚的任命都由“会推”而定。而“会推”时仅以六科主管人为主，卿贰(卿府副官)、台臣等重要官员却很少出席；
九卿、台谏只派人传达意见，大家只知附和或表示同意，而无提出异议的。这样就失去“会推”的意义。
崇祯表示赞同。不久即升继祖任
太常少卿，并以右
佥都御史巡抚山东省。继祖极力加强
青州市、
济南市一带的防务，并弹劾前任巡抚
李懋芳侵吞军饷2万多两，得旨嘉奖。
崇祯十一年(1638年)，清兵南下，京戒严，局势严峻。颜继祖奉
兵部尚书杨嗣昌之命，移驻
德州(在山东西北部，邻接
河北省)。他带领一标人马仅3000名，在50天内被调防3次，兵疲马乏，最后才令其专防德州，原防地济南由此空虚。继祖鉴于前沿兵力少、战线长，数次请求增援，而
刘泽清、倪宠诸将都逗留不进。
崇祯十二年(1639年)正月，清兵攻克济南，
德王朱由枢被俘。继祖兵少力弱，无法兼顾
济南市。朝臣交章抨击，继祖归咎嗣昌指挥错误，自请撤职归乡，奉养父母。崇祯帝
朱由检不许，将继祖逮捕入狱，最后斩首示众。朱由检在位17年，执法极严，
总督、
巡抚因战事偶然失利而被戮杀的共有13名，将士毫无信心，战局日益败坏，终致明廷覆亡。
颜继祖，漳州人。
万历四十七年
进士。历工科给事中。崇祯元年正月，论工部冗员及三殿叙功之滥，汰去加秩寄俸二百余人。又极论魏党
李鲁生、
霍维华罪状。又有
御史袁弘勋者，劾
大学士刘鸿训，锦衣张道浚佐之。继祖言二人朋邪乱政，非重创，祸无极。帝皆纳其言。
迁工科右给事中。三年，巡视京城十六门濠堑，疏列八事，劾监督
主事方应明旷职。帝杖斥应明。外城庳薄，议加高厚，继祖言时绌难举赢而止。再迁吏科都给事中，疏陈时事十大弊。忧归。
八年起故官，上言：“六部之政于尚书，诸司之务握之正郎，而侍郎及副郎、主事止陪列画题，政事安得不废？督抚诸臣获罪者接踵，初皆由会推。然会推但六科掌篆者为主，卿贰、台臣罕至。且
九卿、台谏止选郎传语，有唯诺，无翻异，何名会推？”乘兵破贼金筑，复督酉阳宣抚冉御龙败贼于官坝。孔英至军，平茶、邑梅兵亦集，军容甚壮。先师期一日入真州，用土官郑葵、路麟为乡道，别遣边兵千扼明月关。诸军鼓行前，连破四寨，次赤崖，抵清水坪、封宁关，破贼营十数，逼桑木关，关内民降者日千计。折枝结三大处之，禁杀掠，降者日众，贼益孤。关为贼要害，山险箐深，贼凭高拒。乃令千乘、御龙出关左右，国柱捣其中。贼用标枪药矢，锐甚。官军殊死战，夺其关，逐北至风坎关，贼复大败。连破九杵、黑水诸关，
苦竹、羊崖、
铜鼓诸寨。国柱攻金子坝，无一人，疑有伏，焚空砦十九，严兵以待，贼果突出，击败之。帝称善。
寻擢
太常于少卿，以右
佥都御史巡抚山东省。分兵扼境上，
河南省贼不敢窥青、济。劾故抚
李懋芳侵军饷二万有奇，被旨嘉奖。十一年，畿辅戒严，命继祖移驻德州。时标下卒仅三千，而奉本兵
杨嗣昌令，五旬三更调。后令专防德州，
济南市由此空虚。继祖屡请敕诸将
刘泽清、倪宠等赴援，皆逗遛不进。明年正月，大清兵克济南，执德王。继祖一人不能兼顾，言官交章劾继祖，继祖咎嗣昌，且曰：“臣兵少力弱，不敢居守德之功，不敢不分失济之罪。请以爵禄还朝廷，以骸骨还父母。”帝不从，逮下狱，弃市。
终
崇祯世，
巡抚被戮者十有一人：镇
王应豸，
山西省耿如杞，宣府
李养冲，登莱
孙元化，
大同市张翼明，顺天陈祖苞，
保定市张其平，
山东省颜继祖，
四川省邵捷春，永平马成名，顺天潘永图，而河南李仙风被逮自缢，不与焉。