程源（？~1661），字金一，江津区（今重庆江津市）五岔乡人。明崇祯十六年（1643）进士，官至南明兵部尚书。1661年，吴三桂入缅甸杀朱由榔，程源悲愤背发毒疮而死。

明崇祯十六年（1643）考取进士。程源慷慨识机变，好谈兵，但是为人躁进，被清议所鄙视，不被重用。当时，李自成农民起义军直逼潼关县，孙传庭屡战屡胜，骄傲自满。程源主动给朝廷上疏，列陈防御十策，建议凭关固守，不可浪战，未被朝廷采用，孙传庭最后果然失败。

明崇祯十七年（1644年），北京沦陷，明朝灭亡。程源南下投靠弘光帝朱由，被任命为中书舍人。

公元1645年，弘光政权灭亡，朱聿鐭朱聿键在福建省称帝，改元隆武，程源闻讯前往投奔，被任命为太常寺卿，曾奉命使粤。

公元1646年，隆武政权败亡，朱常瀛朱由榔在广州市称帝，改元永历，初任兵部给事中。得到宗室朱荣藩的推荐，加太常寺卿。程源入贵州省，投奔王祥于遵义市。收复川南，升任佥都御史。王祥叛变，程源于偏桥之役被俘，程源七日不饮不食，并向王祥晓以大义，终于将王祥说服，令之重新归顺明朝。

永历小朝廷内部党争异常激烈，程源也不能幸免。程源被钱邦芑以卖官收赃的名义参劾，撤职查办。不久加兵部左侍郎，又被金堡所弹劾。

永历四年（1650），五虎（金堡、袁彭年、丁时魁、蒙正发、刘湘客）失势，程源借机上书揭发五虎十大罪。四月，晋升兵部尚书、东阁大学士，赐尚方宝剑。

永历十一年（1657），交水之战，程源虽身在孙可望军，但心在明朝，离间孙军立功。但作为孙可望的同党，被削阁职，改任礼部尚书。上书揭发马吉翔，被马反咬是孙可望的同党，程源愤而闭门不见客。

永历十三年（1659），永历帝入缅甸，程源随从至永昌府（今云南保山），降任礼部右侍郎。

永历十五年（1661年），南明亡。程源悲愤万分，背发毒，含恨而死。（钱海岳《南明史》记载程源化名僧人天目，走至蒙化山中，被清军所杀）。

清代江津知县曾受一写了《程源论》表旌其忠：“源乃解皮熊王祥两镇之怨，诸将辑睦，因而有乌江之会。其时，诸镇各受封爵，等势齐量，源惟仗忠诚洒血泪，大声疾呼，檄之会剿，诸将俯首唯命，非其忠义，根于天性而能百折不变。感动人心有如是哉！王师戡乱，渐次削平。源知天命有归而匡复之志郁郁不遂，疽发背卒。诚可谓鞠躬尽瘁，死而后已矣！”