昆明医科大学第二附属医院（原名：昆明市工人医院、英文名：The Second Affiliated Hospital of Kunming Medical University），是于1952年10月建立的一家综合型三级甲等医院。地址位于
云南省昆明市五华区滇缅大道374号，院长为曾勇。
昆明医科大学第二附属医院有开放床位2255张，80个临床
病区和医技科室。1962年，更名为昆明医学院第二附属医院，2009年和2015年分别加挂云南省泌尿专科医院、云南省肝胆胰外科医院牌子，2012年更名为昆明医科大学第二附属医院。2021年，接收云光发展有限公司云光医院，其更名为昆明医科大学第二附属医院海口医院。2024年10月，昆明医科大学第二附属医院生殖医学科开设夜间门诊。
2024年，因重复向门诊患者收取病房取暖费、空调降温费等，昆明医科大学第二附属医院被没收无法退还的违法所得2390441.29元，并处罚款2424704.59元。
昆明医科大学第二附属医院建院于1952年10月，原名为“昆明市工人医院”。1962年，更名为
昆明医科大学第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床医学院，2009年和2015年分别加挂
云南省泌尿专科医院、云南省肝胆胰外科医院牌子，2012年更名为昆明医科大学第二附属医院。2021年接收云光发展有限公司云光医院，将其更名为昆明医科大学第二附属医院海口医院，形成一院两区的发展模式。
2023年11月，昆明医科大学第二附属医院担任云南省医学影像科专科联盟理事长单位。同月18日，担任云南省肾内科专科联盟副理事长单位。2024年9月，云南省
昆明市医科大学第二附属医院与武警云南总队医院对口支援合作签约仪式在武警云南总队医院内举行。10月14日，昆明医科大学第二附属医院生殖医学科开设云南省首家省级三级甲等综合型、大学附属医院的夜间门诊。
医院有开放床位2255张，80个临床
病区和医技科室。5个国家临床重点专科建设项目（重症医学、泌尿外科、神经内科、肝胆胰外科、神经外科），29个省级临床重点专科建设项目（烧伤科2个、新生儿科2个、
产科学2个、康复医学科2个、
消化内科2个、
骨科2个、麻醉科2个、创伤外科、疼痛科、精神科、眼科、急诊科、呼吸内科、护理专业、检验科、神经内科、肾脏内科、血液内科、
妇科学、普通外科、老年病科、
小儿科），国家药物临床试验机构（15个专业）、国家医疗器械临床试验机构（38个专业），
云南省继续医学教育基地（18个专业），国家级省域重大疫情救治基地，全科医师临床培训基地和云南省普外基地。医院有在岗职工3641人，其中高级职称622人。
医院有博士生导师55人、硕士生导师287人，拥有二级学科博士学位授权点6个、临床医学博士专业学位授权点1个，硕士学位授权点25个。设有
临床医学、
医学检验技术2个本科专业、22个教研室，有国家级、省级一流专业各1个，省级一流建设学科1个，省级一流课程2门，承担着
昆明医科大学本科生、研究生以及留学生的临床教学、实习和管理工作。建立了完备的临床教学和规培体系，有国家级住院医师规范化培训专业基地27个，国家级专科医师规范化培训基地3个。医院设有临床技能培训中心，面积约1600平方米，拥有30间技能室，近500套国际先进的
教学模型、设备，可开展微创手术机器人培训。
医院有省级科技创新团队2个，
云南省高校科技创新团队5个，云南省高校工程研究中心2个，云南省泌尿系统肿瘤重点实验室1个，云南省神经病理性疼痛诊疗工程研究中心1个。获云南省重大科技专项1项，院士/专家工作站31个，博士后科研工作站1个，云南省临床医学中心4个，云南省临床医学研究中心1个（泌尿系疾病），
昆明医科大学重大科技成果培育项目4个。医院共有云南省肝胆胰外科、泌尿外科、烧伤、
脑血管病4个内设研究所和云南省分子诊断、康复医学、
阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征疾病、
肝病、
骨质疏松症、神经创伤、
脊椎侧弯与
脊柱畸形、创伤外科、妇科宫颈阴道疾病、儿童呼吸系统疾病防治、
自体免疫性疾病皮肤疾病、临床护理、重症医学、外科
临床营养等14个内设研究中心。近5年获国家自然科学基金项目63项，省级科技计划项目174项。
2022年，昆明医科大学第二附属医院因涉及超医保限定支付范围、重复收费、超标准收费、分解住院、过度检查诊疗等问题，被国家医保飞行检查组发现，后
中央纪委国家监委网刊文披露违法详情。同年11月，该医院被
云南省医疗保障局罚款150万元。
2024年，昆明医科大学第二附属医院9月被没收无法退还的违法所得2390441.29元，并处罚款2424704.59元。罚没款合计约481.5万元。一份
行政处罚决定书显示，按照《2024年云南省价格监督检查守护行动方案》工作安排，
云南省市场监督管理局对昆明医科大学第二附属医院2022年、2023年医疗服务价格行为进行了现场检查，提取了该医院2022年1月-2023年12月医疗服务收费及医院管理相关方面电子数据等资料，并制作了相关人员的调查询问笔录。根据检查情况于7月8日立案。经查证核实，2022年1月1日至2023年12月31日期间，昆明医科大学第二附属医院存在向部分科室住院患者重复收取病房取暖费、空调降温费等多项违法事实。昆明医科大学第二附属医院属非营利性医疗机构，公益一类事业单位，其医疗服务价格实行政府指导价。其上述行为属于不执行政府指导价、政府定价的违法行为。
云南省市场监督管理局于2024年8月30日向该医院发出《行政处罚告知书》，医院收到告知书后未行使陈述、申辩权，未要求听证。9月9日，云南省市场监督管理局责令院方将消费者多付的价款2424704.59元予以退还。
2024年10月29日，昆明医科大学第二附属医院相关负责人回应称，医院已将罚没款481万余元全部上缴，如果仍有被多收费的患者，可以在看到公告后到该院进行退费。并表示对于此次被罚，全院上下会深刻反省，并吸取经验教训积极整改，其还向相关部门、社会和媒体的监督表达了感谢。