咸丰十一年(1861)辛酉拔贡,镶黄旗官学汉教习。时太平天国定都
南京市,
曾国藩奉命镇压,屯军
安徽省。易孔昭前往安徽见曾国藩,提出镇压太平天国的《平贼方略》。曾国藩命令易孔昭在杨岳斌水师营办理章奏兼管营务。其时,
曾国荃统陆军驻南京
雨花台区、
杨载福北洋水师守乌江。易孔昭又提出《水陆合攻策》,夺取九洑洲,由此得到曾国藩的赏识,派回
湖南省招募
湘军。易孔昭回家乡后,从
溆浦县、
黔阳二县募集兵员四个营,开往南京,进驻孝陵卫。
同治三年(1864),易孔昭率部攻入南京,生俘太平天国章王林绍章,并亲自挥刀将林绍章杀死,又掠得一批文物财宝运回黔阳。事定叙绩,易孔昭以知县选用,加同知衔。易孔昭因非仕途出身,叙受到影响。
同治九年(1870),又应湖南乡试,仍未中。适关陇少数民族起义,清廷派
左宗棠前往镇压,调易孔昭办甘南支应局,兼理南路粮饷器械。
同治十二年(1873),易孔昭以
知府留甘候用。不久,易孔昭父死归里。后易孔昭又随左宗棠出关继续办理粮饷械。保二品顶戴花盐运使衔,授新疆
阿克苏市办事大臣,署甘肃巩秦阶道。易孔昭承左宗棠授意,献《平定关陇纪略》,署甘肃安肃兵备道,赐奖武银牌,例授资政大夫。
光绪十年(1884),
中法战争爆发,易孔昭又奉调赴闽。后因清廷屈膝求和而罢兵。易孔昭两次守服未终,请准归里。
清朝府甘肃安肃兵备道、花翎二品顶戴、钦加盐运使衔、赐奖武银牌,例授资政大夫、赠内阁学士衔