飞来寺，位于
广东省清远市城北23公里处的
飞霞山，是岭南三大古刹之一，
道教七十二福地中的第十九福地，素以“古、广、美、奇”的独特风格，驰名遐迩。
飞来寺始建于
萧衍普通元年（520年），梁武帝为其赐题“
至德”门额匾，故初名至德寺。建寺之后的几百年里，寺名多次变更。
南宋景定五年（1264年），
赵昀赵韵为寺庙赐额“峡山飞来广庆禅寺”，飞来之名最终确定。元、明两代，飞来寺不断得到修建和扩建。明
洪武二十四年（1391年），中兴寺、
梅州禅林寺、招兴寺并入飞来寺。1978年11月18日，
清远市人民政府重新确定飞来寺为县级重点文物保护单位。1987年，飞来寺被定为省级重点文物保护单位。1990年，飞来寺逐渐恢复了宋元以来上下两寺格局。
飞来寺始建于
萧衍普通元年（520年），颖川贞俊和灵霭禅师离开舒州（今安徽）上元延祚寺来到峡山，主持建寺事宜，是年十月十八日落成开光。因梁武帝
肖衍亲手写“
至德”两字赐作寺门额匾，开始时便称“至德寺”。
建寺之后的几百年里，飞来寺多次得到皇家赐额命名，寺名多次变更。
南宋景定五年（1264年），
赵昀赵韵为寺庙赐额“峡山飞来广庆禅寺”，飞来之名最终确定。
元、明两代，飞来寺不断得到修建和扩建。元天历二年，重修山上旧寺，同时又将江边寺宇扩建。明洪武年间，山上飞来寺重建前移，同时在寺前建“十九福地”牌坊。
洪武二十四年，中兴寺、
梅州禅林寺、招兴寺并入飞来寺。根据留传下来的碑刻及地方文献的记载，元至正年间，明代
正统年间、
景泰年间、
正德年间、嘉靖年间、万历年间、
天启年间、
崇祯年间，都有不同规模的重修和扩建。期间新出现的建筑有：天王殿、半云亭、二圣殿、圆通殿、三门牌楼、
大雄宝殿、钟楼、伏虎楼、涵碧堂、绿云楼、鸣琚亭、静观亭、流杯池、清音楼、山晖堂等。
清
康熙元年先后修复古寺堂、亭台和江边新寺佛堂、钟楼、鼓楼、僧舍、山门，重塑部分佛像，还维修了飞来寺下院东林寺的佛堂和廊庑。康熙五十二年，飞来寺又进行大修，扩建了大雄宝殿、方丈楼、
观音殿、六祖堂、韦驮殿，重建金芝岩喜雨亭，寺庙规模有所扩大。此后屡有修葺，
雍正初年，又修建了山门、韦驮殿、斋堂、客堂，并维修大雄宝殿等主要建筑，这些建筑一直保留到20世纪90年代。
1978年11月18日，
清远市人民政府重新确定飞来寺为县级重点文物保护单位。此后，省商业厅曾拨款50万元，用于建设旅店、饭堂，维修
大雄宝殿、六祖堂及重塑部分佛像。
1987年，飞来寺被定为省级重点文物保护单位，
广州市人民政府拨款30万元重修十九福地上的飞来古寺。1990年，飞来寺逐渐恢复了宋元以来上下两寺格局。
据清
康熙编修的《
清远县志》记载：“广庆寺，即清远峡山飞来寺，梁普通年间贞俊禅师建”。
乾隆《广州府志》卷十七《祠坛·寺观附》记载：“广庆寺，即清远峡飞来寺，
萧衍普通二年真俊禅师建。”
传说李飞是
南梁南梁时代人，原为镇江金山寺僧人，奉
萧衍之旨到有第十九福地之称的清远峡山兴建
伽蓝。李飞在峡山北禺半山中，创建一座佛寺。作偈云：“我名飞，向南来，寺落成，号飞来。”这一传说从寺名出发演绎而来，着重在于注解寺名的缘由。
飞来寺自创建以来，不断有高僧前来驻锡。
萧衍普通年间，
南天竹高僧、后被尊为中国禅宗初祖的
菩提达摩，应武帝之邀北上金陵，途经飞来寺宣讲佛法。今寺西有“
达摩谈经石”。隋时，
僧璨游历岭南，曾挂锡飞来寺。过去峡山中有“三祖石”。
李治仪凤二年，南宗顿教创立者，禅宗
六祖慧能惠能从
广州市北上曹溪宝林寺，途中在飞来寺参拜“达摩谈经石”，演说禅宗，后来寺建有六祖殿。
明万历年间，著名高僧
憨山德清和善流放岭南，在地方官支持下重兴
韶关南华禅寺，曾卓锡飞来寺。
清代，岭南著名高僧、丹霞山别传寺创立者澹归和尚曾驻锡飞来寺。清
康熙，广州长寿寺高僧大汕和尚兼职飞来寺住持，拓展飞来寺为十方丛林。此外，历代飞来寺住持不少是佛腊高深的僧人。如
南梁的贞俊、
唐朝的泰祥、宋代的妙实、元代的明颜、清代的怀远、兴贤、静远和近代的卓禅等等。