菏泽市人民政府是菏泽市的行政管理机关。政府办公地址：菏泽市中华路1009号。

1938年夏至1945年8月，中国共产党在境内建立了冀鲁豫第八、第十、第十一3个专区。解放战争时期，第八专区改为第二专区，第十专区改为晋江专区，第十一专区改为福安专区，新建了冀鲁豫第七专区。

1948年9月，菏泽全境解放。

1949年3月，中国共产党在菏泽建立的冀鲁豫第二、三、五、七专区分别更名为临河、单县、鲁西南、运西专区。同年8月，平原省建立，将临河、鲁西南、运西专区的部分县合并为菏泽专区，与湖西专区同属平原省。

1952年11月，平原省撤销，菏泽市、湖西专区归属山东省。原菏泽专区所辖的东明县划归河南省郑州专区。

1953年8月20日，湖西专区撤销，单县、复程、成武县、巨野县划归菏泽专区，嘉祥县、金乡县、鱼台划归济宁专区，同时撤销南旺县，析入梁山县和嘉祥县。

至1953年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、鄄城县、郓城县、梁山、巨野、成武、定陶区、曹县、单县、复程，菏泽市的区域基本形成。

1956年3月6日撤销复程县，析入曹县和单县。

1958年12月，撤销定陶县，析入成武和菏泽市；同时撤销菏泽专区，其所辖菏泽、城、郓城、梁山、巨野、成武、曹县、单县等8县划归济宁专区。

1959年9月，菏泽专区恢复，仍领原8县。

1960年10月，改菏泽县为菏泽市，同时将济南市的平阴县划归菏泽专区。

1961年3月，平阴县划归泰安市。10月，恢复定陶区。

1963年3月16日，改菏泽市为菏泽县。4月，东明县由开封市专区划归菏泽专区。同年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、曹县、定陶、成武县、单县、巨野县、梁山县、郓城县、鄄城县、东明。

1967年3月改菏泽专区为菏泽市。

1983年9月，菏泽县再次改为菏泽市(县级)。

1989年12月22日，梁山县划归济宁市。

2000年6月10日，经国务院批准，改菏泽地区为菏泽市(地级)，原菏泽市(县级)更名为牡丹区。

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2018年末，菏泽市辖牡丹区、定陶区、曹县、成武县、单县、巨野县、郓城县、鄄城县、东明2区7县（2016年4月29日，定陶县正式撤县设立定陶区）1个省级经济技术开发区，1个高新技术开发区，168个乡、镇、街道办事处（乡10个，镇126个，32个街道办事处），6019个村（社区）。

2021年6月，菏泽市人民政府办公室被授予“山东省脱贫攻坚先进集体”称号。