周起元（1571年—1626年），字仲先，号绵贞，漳州市府海澄县（今福建省漳州市龙海区）人。明朝政治人物，东林七贤之一，遭阉党锦衣卫许显纯拷打致死。万历二十九年（1601年）进士。御史任上，上疏力斥诋毁东林，故谪为广西壮族自治区参议。天启三年（1623年），以右佥都御史巡抚苏松十府，指控织造太监李实贪恣不法，又为苏州市同知杨姜辨冤，遭魏忠贤恨，被诬为干没帑金十万两，逮入狱中，拷掠致死。与同为阉党所害的高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升并称“后七君子”。有《周忠愍奏疏》。

万历二十八年（1600年）乡试第一，翌年中进士。授江西浮梁（今景德镇市）知县。值豪强阴谋吞书院，起元执法，坚决抵制，终于保住书院。历知浮梁、南昌市，以廉惠著称。

万历三十八年（1610年），周起元选授御史赴京待命，拟任湖广道御史。时值朝廷考核京官，这是关系官员升迁降黜的大事，是党争的焦点。御史刘国缙怀疑郑继芳的假信出自周起元、李邦华、李炳恭、徐缙芳、徐良彦的手笔，于是称他们为“五鬼”，郑继芳也被列入奏疏中。周起元愤怒了，上疏自我表白。滞留两年才得任命。

万历四十年（1612年），周起元受命湖广御史，即奉敕分巡湖广道漕运。他沿江巡视、踏勘、组织民工疏浚河道，维修漕运各种设施。

周起元奉命巡按陕西省，随即调为广西壮族自治区参议，分守右江道。周起元治粤西，遵循理学大师周敦颐治南安、陆九渊治荆门市的办法，以“尊重德性”为上。时柳州市灾荒，百姓纷纷聚众抢粮闹事，地方官以为盗贼蜂起，力主镇压。周起元采取安抚、赈灾的办法，终于平息了骚乱。因治粤西政绩，升迁为四川省副使。尚未起任，辽阳市被清兵攻破，前方告急，又改任通州参政。

恰巧太仆少卿徐兆魁因为攻击东林党人被钱春弹劾，周起元也上疏弹劾他。奸诈小人刘世学这人，是诚意伯刘荩臣的堂祖父，上疏诋毁顾宪成。周起元很气愤，极力驳斥他的荒谬。刘荩臣于是攻击周起元，更加诋毁顾宪成。周起元再次上疏极力辩论，他的同僚翟凤翀、余懋衡、徐良彦、魏云中、李邦华、王时熙、潘之祥也轮流逐条辩论。皇帝将要下令逮捕刘世学，刘世学于是逃走了。

万历四十一年（1613年），告假家居的原国子祭酒方从哲，不经廷议由中旨起官为吏值京周起元正察之际来京，无端被卷入党争旋涡，滞留两年才得任命。部左侍郎。依明制高级官员的任命，须经内阁大臣协议而后才由朝廷下旨。周起元以为方从哲起官有违“祖训”，且其为人“性柔懦，不能任大事”，上疏反对。因此，得罪了联成一气支持方从哲的齐、楚、浙诸党。同年七月，吏部尚书赵焕按年例调御史孙振基、王时熙、魏云中为外官，均未经都察院协议。周起元又参与上疏反对。结果获扣除薪俸之处分。

天启三年（1623年），召入为太仆少卿。初，刑部侍郎邹元标和左都御史冯从吾创办首善书院，其目的是传播濂洛之学，改变士俗。周起元既回京，也时常造访书院。但由于书院传播道学，且时常指摘朝政，所以忌恨者也不少。时兵科给事中朱童蒙便上疏请求禁止，并诋毁。周起元便起而上疏为书院辩解，为邹元标抗争。由于书院得到人们的拥护和邹元标正直的威望，朱童蒙失败，被贬为苏松分守参政。

翌年，任右佥都御史，巡抚苏松十府，是时大水泛滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许。时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”

前因攻击首善书院而外迁苏松为分守参政的朱童蒙，恰也在周起元巡按域内。朱童蒙离开京师更加骄横，“每行道辄鞭挞数十人，血肉狼藉”。又曾非法击毙漕卒，吴民恨之入骨。周起元得到吴民控诉，勃然大怒，说：“天子命我抚民察吏，可坐视此等虐吾民耶？”于是上疏弹劾。结果朱童蒙投奔魏忠贤门下，调回京师为太常寺卿，而周起元却削职为民。当周起元打点行装归里时，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。

天启六年（1626年）二月，魏忠贤欲杀高攀龙、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升、周宗建六人，取实空印疏，令其党李永贞、李朝钦诬起元为巡抚时乾没帑金十余万，日与攀龙辈往来讲学，因行居间。矫旨下令缉捕。缇使至漳州市，士民大惊，又传闻退赃即可赎身，于是父老在四城门设了木柜，号召投钱。不数日钱满，士民如数交迄，缇使也为之感动。周起元被押解至京，落于都指挥佥事许显纯之手。许“略晓文墨，性残酷”，杨涟等十余人皆死其手。周起元身受严刑，屈打成招，同年九月，因肌肉糜烂致死。吴士民及其乡人无不垂涕者，后人称周起元、高攀龙等七人为“后七君子”。

庄烈帝嗣位，赠兵部右侍郎，官一子。福王时，追谥忠惠。

与同为阉党所害的高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升并称“后七君子”。

历知浮梁、南昌市，以廉惠称。——（清）张廷玉等《明史》

寻巡按陕西省，风采甚著。——（清）张廷玉等《明史》

公廉爱民，丝粟无所取。——（清）张廷玉等《明史》

周起元的先祖是周匡物。他的祖父是南城训导惠安县教谕周一阳。他的伯父是周学乐。他的伯母是陈氏。他的父亲是周学射。他的母亲是洪氏。他的堂弟是南昌通判周起龙。他的妻子是郭氏。他的妾是王氏、赵姓。他有四个儿子和一个女儿。其中三个儿子分别是彦升、彦基、彦奎。

大型历史人文纪录片《周起元》于2017年 4月 25日上午正式开拍。该片由海沧区电视台、厦门文广影音有限公司、央视纪录国际传媒有限公司联合策划创作，讲述海沧海洋文明先驱周起元与海上丝绸之路的故事，于8月底在中央电视台纪录频道首播。