吴妍华（1948年2月11日—），台湾女性分子生物学家，
嘉义市人，“中央研究院院士”。曾任
台湾阳明大学、
台湾交通大学校长，任期至2015年7月31日止。
吴妍华于1948年生于
台南市嘉义地区，是家中的长女，之后迁往
高雄市。高雄女中毕业后于1970年获得台湾大学农业化学系学士，1972年获得台湾大学生化研究所硕士，再于1976年获得美国
田纳西州大学生化学系博士学位。
回到台湾后进入台湾阳明大学担任生化研究所教授，并曾经担任生化所所长(1986-1991, 1994-1997)、阳明大学教务长、副校长、2001年到2009年担任阳明大学校长等职务。2011年2月起担任
台湾交通大学校长，是该校首位女性校长。同年，获聘担任马英九政府“国策顾问”。
吴妍华获得的荣誉与奖项包括中央研究院院士、“教育部国家讲座”、
发展中国家科学院院士院士、台湾杰出女科学家奖等。