重庆市农业科学院（Chongqing Academy of Agricultural Sciences）是以原市农科所、市果树所、市作物所、市茶叶所、市农机所为基础组建成立的全民所有制公益型农业科研事业单位。

农科院主要开展农业科技基础研究、应用技术研究、农业资源与生态环境保护研究、农业机械与工程技术研究、农业科技培训、学术交流、科研成果转化与推广。

据2018年4月官网资料显示，农科院下设9个职能处室，14个科研机构；截至“十二五”末，农科院拥有副高以上技术职称人员192人，共审（鉴、认）定新品种179个，获得国家品种权保护48个，获得专利84项，公开发表科技论文1159篇。

•重庆市农业科学研究所

1958年5月，西南农科所撤销，以留渝的10名科技人员为基础，于11月正式成立重庆市农业科学研究所。

•重庆市果树研究所

1937年7月，四川省园艺试验场始建。

1950年，川东行署将四川省园艺改良场与真武柑桔推广示范场合并，成立川东园艺试验场。1952年，改属省农业厅，改称四川省江津园艺试验场。1959年，更名四川省农业厅园艺试验站。

1965年3月，改属四川省农业科学院，更名为四川省农业科学院园艺试验站。

1977年8月，更名为四川省农业科学院果树研究所。

1997年5月，随着重庆市直辖，研究所划归重庆，更名为重庆市果树研究所。

•重庆市作物研究所

1958年3月，江津专区农业试验站成立。1959年，改为农业科学研究所。

1960年，迁址永川区。

1981年，更名为永川地区农业科学研究所。1983年地市合并后，更名为重庆市永川农业科学研究所。1985年，更名为重庆市作物研究所。

•重庆市茶叶研究所

1951年2月，川西行署林业厅建立灌县茶叶改良场。同年11月，改称茶叶试验场。1953年6月，改属四川省农业厅。1955年，由场改站，下放灌县人民政府领导。1959年，概述农业厅，改称茶叶试验站。

1962年6月，迁址永川县。1965年，改属四川省农业科学院。

1973年7月，改称四川省农业科学院茶叶研究所。

1997年，随着重庆市直辖，整体划归重庆市，更名为重庆市茶叶研究所。

•重庆市农业机械研究所

1960年10月，重庆市农业机械研究所建所。

1962年8月，并入重庆市机械研究所。

1970年7月，独立分设。

2005年初，重庆市委、市政府决定筹建重庆市农业科学院。

2005年12月，重庆市委、市政府当年底正式发文，以原重庆市农业科学研究所、市果树研究所、市作物研究所、市茶叶研究所、市农业机械研究所为基础正式成立重庆市农业科学院，农科院选址九龙坡区白市驿镇。

重庆市农业科学院是以原重庆市农业科学研究所、市果树研究所、市作物研究所、市茶叶研究所、市农业机械研究所为基础，由重庆市人民政府于2005年12月批准成立的公益型农业科研事业单位。下设8个职能处室、15个研究所（中心）。依托建有农业部农产品质量监督检验测试中心（重庆）、重庆市农业重点实验室、重庆市玉米工程技术研究中心、重庆市茶叶工程技术研究中心，控股重庆种业（集团）有限责任公司、重庆金穗种业有限责任公司、重庆云岭茶业科技有限责任公司。

全院有干部职工1,338人，其中：离退休人员787人，在职职工551人。在职职工中具有高级职称的专业技术人员117人，有博士学位5人、硕士学位41人，享受国务院特殊津贴专家25人，重庆市市学科技术带头人5人，后备人选6人，重庆有突出贡献的中青年专家2人，重庆市“322重点人才工程”第二层次人选5人；“十七大”党代表1名，十一届、十二全国人大代表1名，市人大代表3名，市政协委员5名，获首届振兴重庆争光贡献奖1名，“重庆市首届有突出贡献的中青年专家”2名。

院办公室

（一）承办全院综合性会议、重大院务接待；

（二）组织拟定院内部规章制度并监督实施；

（三）负责全院目标管理及综合考核；

（四）负责文秘、档案、信访、机要；

（五）负责政务信息、宣传工作；

（六）完成院领导交办的其他任务。

人力资源处（党委办公室合署办公）

（一）牵头拟定本院内部机构、编制、职能设置，负责人事调配；

（二）承办干部选拔、任免、调配、推荐及后备干部管理；

（三）负责全院党的建设、精神文明建设、统战和共青团工作；

（四）负责工作人员考核、晋级、奖惩、培训等工作；

（五）负责人才队伍建设、管理和服务；

（六）负责劳动工资、劳动保护、计划生育和人事档案管理；

（七）完成院领导交办的其他任务。

规划财务处

（一）牵头制定全院发展和建设规划并组织实施，制定全院财务管理制度和会计核算制度；

（二）负责编报和执行部门预算，筹措和管理各项资金；

（三）负责院事业财务、基建财务工作；

（四）监督管理国有资产保值增值，牵头集中采购、招投标工作；

（五）完成院领导交办的其他任务。

科技管理处

（一）制定并组织实施全院科技发展规划；

（二）组织科技项目立项、实施、验收和科技奖励申报；

（三）负责知识产权管理和国内外科技合作；

（四）负责科技推广和科技服务的组织与管理；

（五）牵头实验室、科研基地、科研设施管理；

（六）负责科技统计工作；

（七）承担院学术委员会和院科学技术委员会的日常工作；

（八）完成院领导交办的其他任务。

产业发展处

（一）编制产业发展规划并组织实施，制定企业管理规章制度；

（二）贯彻执行国家和重庆市资产监督管理法律法规，负责全院经营性国有资产的监督管理，调处各类产权纠纷、经济纠纷；

（三）负责全院企业管理，代表院履行院属企业的股东职责，审查企业新建、改制、重组、撤并方案，对院办企业进行管理考核；

（四）负责全院开发项目论证、评估和招商引资，并组织实施；

（五）负责科技成果的转化、转让和市场开发工作；

（六）完成院领导交办的其他任务。

监察审计处（纪委办公室合署办公）

（一）监督检查党和国家有关政策、法规和规章的贯彻落实情况；

（二）组织开展廉政、勤政教育和制度建设；

（三）受理违法违纪案件的检举、控告、申诉，并调查处理；

（四）负责法人任期经济责任审计，对财务收支等经济活动的合法、真实和效益进行内部审计监督；

（五）参与监督全院基本建设招投标；

（六）完成院领导交办的其他任务。

后勤保卫处

（一）协助装备物资的招标、采购并负责发放；

（二）负责全院水、电、气和基础设施的维护、管理；

（三）负责园林绿化、物业管理和消防工作，承办户籍、治安等管理；

（四）负责安全生产、安全保卫和车辆管理；

（五）完成院领导交办的其他任务。

院离退休人员工作处（工会合署办公）

（一）督促落实离退休人员政治、生活待遇；

（二）负责离退休人员管理服务，配合做好思想政治工作；

（三）承办院工会日常事务；

（四）完成院领导交办的其他任务。

基本建设办公室（临时机构）

“十一五”期间，全院基本建设任务繁重，设立院基本建设办公室（临时工作机构）。大规模基本建设任务完成后，相应职能配置规划财务处。

（一）制定全院基本建设及发展的总体规划;

（二）负责土地征用及管理;

（三）负责原五所资产置换工作；

（四）负责基建项目立项、报批与建设管理，组织基建项目与基建设备招投标;

（五）对工程进行质量监督、材料控制、投资预决算、工程竣工验收；

（六）完成院领导交办的其他任务。

国家蔬菜改良中心重庆分中心

农业部农产品质量监督检验测试中心（重庆）

国家农作物引育种中心（重庆分中心）

国家农产品加工技术研发玉蜀黍属分中心

重庆市玉米工程技术中心

重庆农作物生物技术工程中心

重庆市茶叶工程技术中心

重庆市水稻工程技术中心

重庆市杂粮工程技术中心

逆境农业研究重庆市级重点实验室

重庆海南玉米蔬菜创新基地

重庆市农科院科技示范基地（含谷）

水稻研究所

玉米研究所

特色作物研究所

蔬菜花卉研究所

果树研究所

茶叶研究所

农业资源与环境研究所

农产品贮藏加工研究所

农业工程研究所

农业机械研究所

农业经济与乡村发展研究所

农业质量标准检测技术研究所

生物技术研究中心

农业科技信息中心

农业科技推广中心

“八五”以来，全院获科技成果奖204项次，发表学术论文1400余篇，创新材料120多份，育成新品种80余个。其中，优质水稻育种进入全国先进行列，Q优6号和渝优600为国家认定的超级稻品种；玉米育种在中国西南地区处于领跑地位，渝单系列品种在全国推广运用；糯玉米育种居于全国领先水平，渝糯7号为国家糯玉米区试对照种；两系小麦材料创新、杂草稻栽培等也居于全国领先水平；蔬菜育种、优质小麦育种、茶叶育种与加工、果树资源开发利用等领域也在西南地区保持领先水平；拥有蔬菜种质资源占全国总资源的四分之一、西南地区的四分之三；研制的“云岭永川秀芽”为全国唯一的针型名茶，为重庆市十大名茶之一。直辖以来，推广水稻、玉米、小麦、蔬菜、茶树、果树等良种100多个，推广面积1200多万公顷，为重庆及周边地区农业和农村经济发展提供了强有力的科技支撑。

“十一五”期间，重庆市农科院以“西部一流，全国先进”建院目标定位，本部选址九龙坡区白市驿镇，规划占地面积2600亩，按“一个核心，四大基地”的布局，即建设以院本部为核心，永川区粮食作物试验示范基地、永川茶叶试验示范基地、江津果树试验示范基地、黔江武陵山区农业综合实验站等四大基地的创新平台；坚持“科研立院、人才兴院、服务强院”战略，以机制创新为引擎，全面加强“基础条件、学科体系、人才队伍、和谐农科院”四大建设，提升科技创新能力和科技服务能力，努力建成集农业科研、示范、展览、培训、加工、物流为一体的农科院，展示重庆现代农业的示范园区和山地农业科技创新中心。

《南方农业》杂志是重庆市农业委员会主管、重庆市农业科学院主办的大型综合性农业科技期刊，面向全国公开发行。月刊，每月15日发行，国际标准连续出版物号ISSN1673－890X，国内统一连续出版物号CN50－1186/S。本刊系中国学术期刊网络出版总库、维普中文科技期刊数据库、万方数据股份有限公司——数字化期刊群三大网络检索机构全文收录期刊。栏目设置有：遗传育种、生物技术、栽培与植保、生理生化、园林花卉、动物科学、农业机械、农业信息化、贮藏加工、产业发展、城乡统筹、综述报告等。

2021年9月26日，被认定为“2021年度农业农村信息化示范基地”。