中国新疆航空公司成立于1985年1月1日，原为民航总局直属航空运输企业，总部位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市。公司主运营基地设在乌鲁木齐地窝堡国际机场，并管理新疆区内多个机场和航站。2002年，新疆航空并入中国南方航空集团公司，随后在2004年10月成为中国南方航空股份有限公司新疆分公司。

新疆航空曾经开辟了多条国内外航线，包括但不限于前往哈萨克斯坦阿拉木图、吉尔吉斯斯坦比什凯克、巴基斯坦伊斯兰堡、俄罗斯莫斯科-谢列梅捷沃、新西伯利亚、叶卡捷琳堡、乌兹别克斯坦塔什干以及香港的国际航点。

新疆航空的机队曾包括伊尔-86、波音737-300、波音737-700、波音757-200、ATR-72以及图-154型飞机。其中，图-154M型飞机在2001年全部退役。

1988年7月11日，新疆航空的一架图-154飞机在执行9501号班机任务时遭遇雷雨，导航系统失灵，最终迫降在九江十里堡机场外的稻田中，机上人员无一死亡。1992年8月7日，同一架飞机在飞往和田途中遇到沙尘暴，第二次降落时冲出跑道，迫降在戈壁上，同样无人死亡。