被升为都宪，监诸镇兵，驻守湖南省。顺治十四年(1657年)，大西军首领孙可望与李定国公开决裂，投降清代，出卖西南军情。淯鳌与十三镇兵继续抗清，在湖南荆湘一带频繁活动。

明崇祯十二年(1639年)，淯鳌由晋江市学拔贡，时烽火四起，天下大乱。淯鳌自幼受忠君报国思想熏陶，每以“士穷见节义，世乱识忠臣”为念。

清顺治二年(1645年)，清兵攻占南京市(今南京市)，南安县郑芝龙、郑鸿逵与漳浦县黄道周等拥立朱聿鐭朱聿键在福州市称帝，年号隆武。淯鳌赶往福州进，向隆武帝表白忠心，慷慨陈词，壮怀激烈。隆武帝十分赞赏，授予衡阳市(今湖南衡阳)通判。翌年，抵湖南省赴任。兵部尚书、总督何腾蛟赏识淯鳌的为人与才干，改授道县(今永州市)刺史。

顺治四年(1647年)，李自成大顺军余部刘体纯(别号“一枝虎”)、李来亨、郝永忠(郝永忠)等十三镇各率所部请求奉使，向两广南明永历政权称臣，愿意接受调遣，合作抗清。大顺军途经道州时，淯鳌出城迎接，与刘体纯等人一道参见朱由榔朱由榔。淯鳌被擢升为都宪，监诸镇兵，驻守湖南。顺治六年，南明抗清队伍李过、马进忠诸部不协，总督何腾蛟亲赴湘潭市调解，在武冈山为清军所执，劝降不从，绝食而死。是年，大西军孙可望割据云贵高原，道路不通，形势十分严峻。淯鳌乃与十三镇兵马退入荆襄山区，据守湖南陵夷，四川归州、巴东县、蜀、巫山山脉、涪州，湖北均州等7州县，屯耕山区，衣食自给，转战于湘、鄂、川群山之中，保持与南明永历政权的联系。淯鳌间道上书，陈述十三镇坚持抗清，公忠无二，扼险据冲，密切注观山西省、湖南省、四川省动向，一有机会，随机而动。永历加封淯鳌为总督两粤、滇、黔、晋、楚、豫等处地方军务兼理粮饷，兵部右侍郎兼都察院佥都御史等职。

顺治十四年(1657年)，大西军首领孙可望与李定国公开决裂，投降清代，出卖西南军情。云贵高原两广逐渐被清军占领。淯鳌与十三镇兵继续抗清，在湖南荆湘一带频繁活动。

康熙帝二年(1663年)，清军分7路“围剿”十三镇兵，郝永忠、刘体纯相继战败牺牲；翌年，李来亨被围困于茅麓山(今湖北兴山西北)，拒绝投降，举家自焚。此时，十三镇兵溃如山倒，星流云散。有人劝说淯鳌弃军逃命。淯鳌回答说：“师亡与亡，去将何之!”有人劝导他：“大势已去，肝脑涂地，无益于事”。淯鳌慨然回答：“吾岂不知时，然有不为爵劝，不为禄勉，断决腹，一瞑而万世不视者，厮养子优为之，况决于死生之机，如鳌者哉!”嗣后即被捕。劝降不从，被杀于巫山。临刑神色不变，尸投于巫峰三峡间。