匍匐南芥（学名：南芥属 flagellosa）是十字花科南芥属下的一个种，为多年生草本植物。全株被单毛，有鞭状匍匐茎。花序顶生，花瓣长椭圆形。种子每室1行，长圆形，无翅，具明显凹点。匍匐南芥分布于中国的安徽省、江苏省、浙江省等地，以及日本。

匍匐南芥全株被单毛、2-3叉毛及星状毛，有时近无毛。茎自基部分枝，有鞭状匍匐茎；营养茎常向外倾斜，高10-35厘米，表面有沟棱。基生叶簇生，长椭圆形至匙形，长3-7厘米，宽1.5-2.5厘米，顶端钝圆，边缘具疏齿，基部下延成有翅状的狭叶柄，不具裂片；茎生叶排列疏松，有时顶端有3-6片轮生，倒卵形或长椭圆形，长7-9毫米，顶端钝形。花序顶生，萼片长椭圆形，长约5毫米，上部边缘白色；花瓣长椭圆形，长8-9毫米，宽约2.5毫米，基部呈长爪。长角果线形，长2-4厘米，宽约1.5毫米，果瓣扁平或缢缩呈念珠状，中脉明显；果梗斜升，长约1.2厘米。种子每室1行，长圆形，长约1.5毫米，无翅，具明显凹点。

匍匐南芥与卵叶硬毛南芥（南芥属 hirsuta (Linn.) Scop. var. nipponica (Franch. et Savat)）的区别在于，匍匐南芥有鞭状匍匐茎，茎生叶具短柄，基部不抱茎。

匍匐南芥生于林下沟边、阴湿山谷石缝中，海拔100-200米，在中国歙县、江苏宜兴、浙江天目山、孝丰、台州天台山、杭州市均有分布。在日本也有分布。