净莲寺位于思明区将军祠40号，民国十八年(1929年)由菜姑吴开性、胡性清合建。

1933年佛堂建成后即共立碑规约：“斋堂属于公有，任何人不得据为私产”、“以有道贤明者居之”，并请转尘和尚、性愿法师暨厦门市诸山长老为证。

上世纪40年代初，觉斌和尚皈依弟子许莲瑞主持堂务，有菜姑2人。后由菜姑汪秀珍住持。“文化大革命”中堂所为工厂占用。

1983年退还产权，时旅居海外的原住堂菜姑黄注姑筹措资金，与汪秀珍合资复建。

1993年，经政府批准登记为开放的宗教活动场所，是厦门市较早登记开放的佛教道场之一。

然因年久失修，屋宇危倾，2005年经厦门市房屋安全部门鉴定为危房，亟待兴复。老住持心专姑往生后，2009年由向成法师接任管理，法师带领全寺常住及信众发悲心宏愿，募资对古寺进行重缮翻建。

并于2011年7月23日，隆重举行寺庙重缮奠基仪式。

经不懈努力，于2012年5月19日，举行了净莲堂翻建工程封顶安梁祈福法会。恭请新加坡光明山普觉禅寺方丈广声大和尚、南普陀寺方丈则悟大和尚、承天寺方丈向愿法师、观音寺住持定恒法师、南普陀寺监院界象法师、虎溪岩寺方丈净心法师、鸿山寺住持法云法师七位大德法师主法。

现净莲堂改称“净莲寺”，为一栋五层楼建筑面积2300多平方米的综合性殿堂，融合了大雄宝殿、念佛堂、僧、斋堂等功能，各项配套设施不断完善，莲花道场坚持爱国爱教、弘法利生，主要佛事有每周六共修《无量寿经》，每月十六举药师法会，每月二十四授《八关斋戒》。

并常请法师讲经说法，利乐有情。亦有菩提书院学员每周来寺共修、禅修等。净莲寺现常住僧众8人，向成法师主持日常寺务，领众修行。