兰州大学敦煌学研究所创建于1979年，与
敦煌研究院联合共建之后，在1999年成为首批教育部人文社会科学重点研究基地。
研究所下设敦煌文献研究室、敦煌石窟艺术研究室、
宗教学研究室、佛教艺术与文化研究中心、中国敦煌
吐鲁番市学会
兰州大学资料中心和《
敦煌学辑刊》编辑部等机构。经过二十多年的建设发展，兰州大学敦煌学研究所成为国内外知名的敦煌学的科学研究、人才培养、资料信息的中心。敦煌学研究所现有研究人员20人，其中教授10人（博士生导师6人），副教授5人，讲师编辑5人。
兰州大学敦煌学研究所于1984 年获得历史
语文学硕士学位授权点，1998年获得历史文献学（含：敦煌学、
古文字学）博士学位授权点，并接收国外留学生，拥有较为完善的学科培养体系。开设有
敦煌市学概论、吐鲁番学概论、国际敦煌学、敦煌文献学、敦煌文献专题、
石窟寺艺术概论、敦煌佛教艺术专题、敦煌壁画研究、敦煌佛教图像学、
魏晋隋唐史专题、河西史研究、河西佛教史、
西北历史地理学概论、敦煌西域出土美术品研究等课程。截止2002年，敦煌学研究所共培养出博士生2名，硕士生35人；现有在读博士生19名，硕士生18人；培养
日本、
韩国、
美国留学生达16人，为国内外敦煌学研究培养了高层次人才。
1、
敦煌市文献整理研究。敦煌学研究所在敦煌地理文献、碑铭赞文献、十王经文献、
五台山文献、
占卜文献、史地文献和俄藏敦煌社会文献的整理研究等方面十分突出。
2、
莫高窟佛教艺术研究。敦煌学重点研究基地是
兰州大学与
敦煌研究院联合建立的，双方在敦煌
四大石窟考古、分期断代、壁画艺术、佛教研究、石窟保护上均占有优势。
兰州大学敦煌学研究所重视与国内外学术界的学术交流，邀请著名敦煌学专家来兰州大学讲学，接收国外留学生的培养；同时举办大型国际学术会议，派遣研究人员前往国内外从事访学与合作研究，加强与国内学术界的交流联系，提高了学术知名度。
2、2005年，
王冀青教授的《
斯坦因与日本敦煌学》、《
斯坦因第四次中国考古日记考释》获第六届甘肃省优秀图书奖一等奖，2006年获首届
中华优秀出版物奖。
3、2007年，
冯培红（指导教师：
郑炳林教授、施萍婷研究员）的博士学位论文《敦煌归义军职官制度——唐五代藩镇官制个案研究》被评为2007年度全国百篇优秀博士论文。
4、2008年，
沙武田（指导教师：郑炳林教授、
樊锦诗研究员）的博士学位论文《敦煌画稿研究》，获2008年全国百篇优秀博士学位论文
提名奖。