该剧讲述的故事发生在明末清初，描写了以
崇祯、
李自成、
皇太极为代表的大明、
大顺、大清时期改朝换代中的三个风云人物争夺天下，以及引清兵入关的名将
吴三桂和
陈圆圆的爱情故事。
明朝
天启末年，朝廷暗藏着一场宫变，天启皇帝病危待亡，却无子嗣继位，唯一的骨肉便是皇弟
朱由检。大内总管
魏忠贤阴谋用宫女的婴儿冒充太子承继大统，以保住阉党的荣华富贵。不料，那宫女却生下一个女婴。这时，已被驱逐出京的朱由检被
锦衣卫捕回宫中，以为自己将被殉葬，万没料到竟继位成为
崇祯。而宫女带着女婴逃至
扬州市，起名陈圆圆。陈圆圆一日当中被卖了三次，落入妓院学艺。长成后，成了名满天下的歌妓。崇祯即位后，立志
中兴大明。然而朝廷始终内忧与外患。内忧是由于天灾全国饥民过半，中原一带以
高迎祥、
李自成为首的农民军蜂起；外患是关外的
后金叛军压境，
皇太极登基开国虎视关内。崇祯始终处于巨大的危机中，苦心竭虑地试图挽救大明。陈圆圆被大太监
王承恩选入宫中侍驾，她屡屡抗拒崇祯“圣宠”，却爱上了
吴三桂。
中原农民军被朝廷官军围困在
车厢峡，即将全军覆没。正当
崇祯调兵将想一举全歼时，皇太极挥师南侵，兵临京城。万急时，崇祯坚持拒和迎战，率军民击退了皇太极，但中原义军又逃出生天，再度恢复生机。崇祯把坚持“谋和”的蓟辽总督
袁崇焕凌迟处死，让吴三桂升任宁远主将，为笼络其心，将
陈圆圆赏赐给他，让他们奉旨成婚，婚后三天，吴三桂北赴边关，陈圆圆重返宫廷沦为人质。
高迎祥、
李自成攻克
凤阳县，
张献忠掘皇陵，大胜之时农民军内部发生了分歧……崇祯得知凤阳皇陵被毁，痛彻心肺，不食荤腥，孝衣理政。他迅即用全国力量来剿杀农民军，闯王高迎祥被捕，押送京城处死，张献忠也投降了官军，李自成继承了闯王之位。
后金日渐强胜，已完成了入关南侵的所有准备，就在出兵前夕，
皇太极却发脑中风而亡，后金宫廷也随之陷入了夺位之争。勤政殿上亲王
爱新觉罗·多尔衮与
皇长子豪格领着各自的旗主
横刀相向，万急时刻，
孝庄文皇后在降臣
洪承畴的指点下趁势将小皇子
顺治帝推上了皇位，是为顺治帝，而多尔衮成为
摄政王，后金复归稳定。而庄妃为了福临的安危与后金未来，也屈身侍奉多尔衮。
李自成为闯王后率农民军席卷全国，迅速逼近京城，
崇祯拒绝迁都，决心守城应战到底，但这时人心尽丧，兵无斗志，臣子如鸟兽散。破城前夕，崇祯杀死亲生骨肉，自尽于煤山，大难中，
陈圆圆救下三岁的小皇子。李自成进京后，开国大顺，登基为帝并搜捕小皇子，同时他极力拉拢驻守在
山海关区的
吴三桂，同时，关外的
爱新觉罗·多尔衮也在劝降吴三桂。李自成的部将
刘宗敏爱上了陈圆圆，强行住进吴府。吴三桂终于决定“归汉不归夷”率军归降李自成，但在进京路上遇见管家，惊闻父亲被义军杀死，爱妾被刘宗敏强占。吴三桂怒发冲冠，立刻调头返回山海关。关前吴三桂又遇见亲自来劝降的
孝庄文皇后与
洪承畴，同意“顺清”，并借清兵剿灭大顺军，以图光复大明。
多尔衮为利用吴三桂，封其为平西王，并与他杀马为誓，将八旗军全交给他指挥。京郊，清军、
吴三桂的骑兵合击大顺军，
李自成兵败，只得匆匆退出北京，临行前，
刘宗敏不舍
陈圆圆，强行带走了她，吴三桂大胜，但他想进京与陈圆圆相会时，却发现整个京城都住满了八旗军，
爱新觉罗·多尔衮甚至不准吴三桂进城祭奠
崇祯与家父，严令他继续追杀大顺军。吴三桂只得在城外遥遥拜祭，之后立刻统兵追杀残余的大顺兵，同时寻救陈圆圆。山野，吴三桂与负伤的刘宗敏决斗，陈圆圆牵着小皇子奔来，试图阻止，但苦劝无效，她眼见着吴三桂杀死了善良的刘宗敏。也就这时，李自成也在深山力战而亡，京城里小顺治被迎上了
太和殿，满清占领了天下。吴三桂与陈圆圆破镜重圆了。首先，多尔衮“以汉剿汉”令
吴三桂南下追剿大明残余。在进兵路上，天下百姓都在唾骂吴三桂与
陈圆圆，认为这一对痴男怨女是祸水，祸国殃民导致了大明灭亡，这时吴三桂倍感痛苦与悲愤，接着，
爱新觉罗·多尔衮在全国范围内搜杀“朱三太子”，而这个小皇子正依偎在陈圆圆怀抱中，相互之间已亲如姐弟最令吴三桂痛苦的是，这时的陈圆圆突然怀孕了，吴三桂不清楚陈圆圆肚里孩子是谁的，甚至连陈圆圆也搞不清。吴三桂觉得自己作为一个男子汉，忍受着天下最大屈辱。当
清代密使要进军营搜查
朱慈炯时，
吴三桂为了避免灾难缠身，当着陈圆圆的面，摔死那个三岁的小皇子，剧痛之下，陈圆圆晕倒。黎明时，吴三桂命令拔营南下，当他走进
陈圆圆帐中时，只看见一把扯断银弦的
琵琶，从此陈圆圆不知所终，至此，
崇祯年间大明、满清、
大顺三方，改朝换代中的风云人物，流入历史长河。
《江山风雨情》这部戏第一次全方位多视角的展现了那个大时代、大背景之下的波澜壮阔、气势恢宏的历史场面。人物众多、个性鲜明、栩栩如生。以往描写那段历史的电视剧并不多，所以这部戏大大的满足了观众对那段历史的好奇心理。各方面制作的水平很高，无论从服装、化妆还是灯光、美术设计。其制作班底实力应该非常雄厚。（新浪影音娱乐评）
《江山风雨情》描写了以
崇祯、
李自成、
皇太极为代表的明朝、
大顺、大清时期三个帝王争夺天下的故事。剧中人物关系复杂，矛盾冲突异常激烈，一个“争”字谱就了无数的将帅情结和权谋用兵、用人之道。与《康熙王朝》相比，《江山风雨情》更多的是铁与血的较量、谋与略的比拼。而且《江山风雨情》不再局限于一个朝廷的帝王之道，而是从明灭亡、清入关、
大顺夭折的历史事件中，深刻揭示其内在的必然规律与真相，塑造出人性化的历史人物，再现几百年前血雨腥风、气势磅礴的历史画面。（新华网评）