2006年6月12日，“台湾红”公司的负责人李慧芬向台湾地区
民意代表邱毅爆料，指她的300万
新台币君悦饭店住宿发票，被她的堂姐李碧君拿去转交
吴淑珍核销“
国务机要费”。2006年11月3日，中国
台湾高等法院检察署书记官长张文政宣布“国务机要费”案侦查终结。
2006年6月12日，“台湾红”公司的负责人李慧芬向台湾地区民意代表邱毅爆料，指她的300万新台币君悦饭店住宿发票，被她的堂姐李碧君拿去转交吴淑珍核销“国务机要费”。6月28日，审计部派员赴台湾当局领导人办公室查账，并将疑涉不法相关资料函送
台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心调查。负责此案的
陈瑞仁检察官曾经讯问
陈水扁、
吴淑珍、马永成等人，要求他们就“
国务机要费”的支出作出说明。
2006年11月3日，中国
台湾高等法院检察署书记官长张文政宣布“国务机要费”案侦查终结。检方认定：陈水扁与吴淑珍、马永成、
林德训、
陈镇慧四人均涉贪渎；涉及的6宗秘密外交案中，只有2宗是实案，其余1宗为虚构，3宗无关秘密外交费用。
高检署只起诉吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人，并认定吴淑珍以他人付款消费的发票诈领“国务机要费”共
新台币1480万元【1】。