大云寺建于武周（武则天当政）时期，毁于明末战乱，鼎盛时烟云笼罩，蔚为壮观。

明朝《嘉靖夏津县志》记载：“大云寺，城东三十里。唐古刹，元末。国朝洪武间建，宣德正统成化间，相继增修，门楼殿阁，宏伟壮丽，达人君子，多登游诗赋其中。”

千佛阁是大云寺建筑群中的主体建筑，阁高近40米，占地面积1332平方米。

相传，公元690年，武则天经过多年韬光养晦，终于实现了梦寐以求的夙愿，改“唐朝”为“周代”，并当上了“大周朝”的“圣神皇帝”。虽然这时她已是67岁高龄的老人，但因寡居多年，仍旧欲火旺盛。就在这时，李世民之女千金公主将其姘夫薛怀义引见给武则天。

薛怀义原来是洛阳市街头的一个打把势、卖膏药的小混混，因其相貌英俊，身强体壮深得武则天欢心。入宫后，武皇帝给予了他很大的特权。为了便于幽会，武则天将薛怀义伪装成和尚，让其当上了天下名刹“白马寺”的住持，还让他承担了“大明宫”的修建工作。武后自诩为弥勒菩萨再世，薛怀义投其所好，创造了一部《大云经》，以证实武则天乃佛祖转世。对此，武则天非常开心，随后便命令各地大修“大云寺”。

然而，这薛怀义原本就是个流氓无赖，对“皇帝婆婆”的宽容竟然毫不领情，一味地侍宠骄淫，妄自尊大，整天骑着高头大马在皇宫里横冲直撞，就连皇亲国戚也不放在眼里，公主嫔妃照样欺辱。

对于薛怀义的嚣张乖戾，武则天一直是忍了又忍，及其放任，但是后来薛怀义竟移情别恋，委实让“皇帝婆婆”大动肝火，从此渐渐对其疏远，薛怀义一时气不顺，就把皇帝刚刚修建的“大明宫”一把火给烧了，武则天再也不能坐视不管了，便和几个近臣密谋要除掉薛怀义。

太平公主得知此信，急忙到白马寺给薛怀义通风报信，并劝他暂时远走高飞，待事情平息后再回来。薛怀义也知道这次闯了大祸，收拾起一些金银，带着几个徒弟，慌忙沿运河往北逃去。

经过几天的奔波，来到了距洛阳市一千多里的夏津县，见此地风光旎逦，杂植荷，地肥水美，繁花盛开，便决定在此安身。他用从白马寺带来的金银，雇佣当地工役，修建了一座弘大的佛寺，为了纪念他和武则天那段缠绵的故事，取名“大云寺”。

据隶书记载，当时的“大云寺”共建各式大殿一十八座，“三佛、护法、大悲、五百罗汉、金刚”诸佛像俱全，僧房、仓库、浴室、厨房等配套设施无一不备。“栋宇鲜丽，金光流映，煌然为东藩伟观”（清《夏津县志》载）。薛怀义又吸纳僧众一百余人，购置良田一百五十公顷，过起了逍遥自如的神仙生活。

好景不长，武则天通过各地的眼线得知了薛怀义的去向，派出大批大内高手千里追杀薛怀义。在一个夜深人静的夜里，一把火将“大云寺”烧为平地，薛怀义及一百多僧众全部丧身火海，武则天终于报了薛怀义烧“大明宫”之恨。“大云寺”就此衰败，后来虽又几次重修，但终于明末战乱彻底焚毁。

现其址仍瓦砾遍地，常有祭祀用陶具出土。夏津县城东35里的大云寺，重殿叠起，交绮对幌，是方圆千里众寺之中的名刹，高官贵人一生向往和游览的圣地。大云寺，昌于金，毁于元，重修于明并新建千佛阁。它历史悠久，许多文人在此留下名诗绝句千古流传，民间还流传着许多建千佛阁的动人故事。

寺庙阁门朝南，阁门上悬挂着黑底金字“千佛阁”匾额一块，字迹雄健浑厚，乃是明朝著名书法家方元焕题写。阁内共分三层：一层是千佛塑像，二层做斋醮科仪或念经，三层供游人观光用。

千佛阁修建得高耸挺拔，有24根高22.5米的石柱，整个阁宇均为穿斗混合式梁架石砖木结构，栾拱曲伸自如，上面用红白颜色装饰图案，阁脊修得像翼翅般飞扬着。建筑规模宏大，结构严整。千佛塑像，尊高3米，神态各异，有的雄壮威严像战场厮杀的猛将，有的庄重稳雅像儒家学士等等，千佛雕塑地栩栩如生，扣人心弦，游人速生敬仰之心。阁内能同时容纳千人以上。

从大云寺山门、东门、西门有三门直通千佛阁，长650米。每逢初一、十五男女老幼，携带供果，拎着锡箔银锭，香烛纸马，进千佛阁前来许愿。上几炷香拜佛，祈求心想事成。特别是农历8月8日至15日是大云寺庙会，全国的不管是高官、文人、富贾，还是平民百姓，人来人往，熙熙攘攘，大云寺大道两侧、大云寺院内及千佛阁周围的摊棚店铺鳞次栉比，人涌如潮，摩肩接踵，全国牲贩云集，商贾成河，买卖兴隆，一片升平景象。千佛阁香火极盛，点燃的香炷之气息，在几里地之外都能闻到。有明朝山东省提学沈钟的《游大云寺》诗为证：“满路飞香三数里，绕檐鸣铎半虚空。”

登千佛阁浏览四周景观最为壮观。晚上，游人登上道阁顶层，把拦而望，瞬时感到自己身在云霄，伸手能摘到星星的境界；清晨，一片片彩霞折射在晶莹剔透的露珠上，把游人带入色彩斑斓的仙境。如在不同的季节你登上道阁，四处环望，你会惊奇地发现，各个季节都有不同的精美画卷溢出你的眼帘：像夏季麦浪似层层金黄色彩云，飞翔在田野；秋天的谷穗，像一床硕大的丝绸，随风漫舞，令你睛中闪现出温柔、惬意的景象；冬季一场大雪，大地一片银白色，让游人抛弃了尘世的一切烦恼，净化了心灵，还有村庄袅袅升起的炊烟，公鸡黎明前在树梢上高昂地报时声，特别是站在阁上观望马颊河的日出，又是一番令人流连忘返的动人长卷，吸引着众多高官贵人结伴而来、乐不思蜀。明朝山东省提学沈钟在寺休斋时的诗中最后写到：“除却灵岩堪伯仲，其它琐琐敢争雄？”

大云寺千佛阁在清代康熙曾兴旺一时，但历经苍桑，风雨剥蚀，尤其是随着清朝一个又一个的丧权辱国条约的签订，战火烧去了大云寺千佛阁往日庙会的繁华。1937年“七七事变”后，千佛阁级层毁损，仅存迹痕。

建国后，大云寺千佛阁己成为残墙横迹，被当地人开垦后种田。但关于张法师历尽险难修大云寺建千佛阁的传说，在夏津县、高唐县、平原、临清市民间流传着脍炙人口的故事：明朝初期，山东莱州掖县人张福广从小立志要将世人救出疾病之中，他精心学医，苦于钻研，能医治许多疑难病症，学医有成后，他想找一个能施展自己医道的广阔天地。张福广在给一马商看病时，听说夏津大云寺是东省众寺中的名寺，庙会时，每天游览的人数上万，这打动了张福广的心。

在明朝洪武24年，张福广携带妇人徒弟福宽慕名来到此寺，看到大云寺已破烂不堪，只是基址尚存，而香火冷落。张福广立志将大云寺重新恢复往日的盛状。于是带领妇人、徒弟，打扫清理出一小殿居住的地方。张福广每日走进村庄，为老百姓看病施药，从不计较金银，而且药到病除，深受人民的爱戴。张福广的善医之佳名在民间传送甚远。当他看到只医治身体，不改变众生的心结时，他不听从家人的劝阻，为了众生就毅然皈依了佛教，人称“张法师”。其老伴同时在距大云寺十数里的张姑庵出家修行。此事，很快传遍夏津县、高唐县、临清市、平原等地。电影《济公》中的井中取木，医治病人等故事都是出自大云寺的“三和尚”，这个传说在我们这儿都已流传了几百年。

当时“张法师”年老，将拓建寺院的事交给大徒弟福宽和信徒葛福正，经过70年的努力修建，建三佛、护法、大悲、五百罗汉称、金刚、后土娘娘、北极诸殿，共七座，其中千佛阁成为山东省众寺殿之冠。左右伽蓝祖师共四座，钟鼓二座，僧房二十间，方丈五间。

又在西南处设置僧一所，内坟塔四座，普同塔一座，厨房和浴室、露天晒谷场一处，所有法器都已齐全，所用的陶工、铸工、油漆工、花匠诸多方面都很完备。修建工程始于正统甲子而完于天顺癸未，二十年间，郡守徐君垠、县令薛君正前来赞助，施主吴福成见状，也慷慨解囊赞助。福宽遵守师父的意愿，率徒抓紧时间高质量地修建完寺院。寺院修建竣工后，张法师开心地笑着合上眼……

张福广重新扩修大云寺千佛阁的事，已记录明朝史册，他为修建寺院不辞万里治病化缘的故事，深受人们的敬仰。明朝翰林学士钱溥游大云寺登千佛阁后感叹地地说：“天下事未有不相济以有成，持实行以得众者也，而其巧伪之辈，方欲智笼天下以自私其不取败……故有感于天下之为事者，苟得善之实行加以问学之功，则何患乎事不足以有成？”张福广的故事虽说已过去几百年，但在民间渊源流传。

2011年3月29日10.18分大云寺举行了重建奠基仪式，庆云海岛金山寺齐素萍居士捐款100万元，一些居士、企业家纷纷捐款，仪式圆满成功。重建大云寺位于山东夏津黄河故道国家森林公园腹地，项目总投资3亿元，占地232亩（含僧田），建筑面积16000平方米，汉唐建筑风格，资金由民间主导，观音山广济寺、庆云海岛金山寺等大力支持。

2011年3月29日开工，分期进行，2011年完成山门、大雄宝殿、钟鼓楼、放生池、僧房及停车场等设施建设，2012年完成天王殿、（千佛殿）观音殿、法堂、藏经阁等建设，2013年6月底全面完成，大云寺将成为一座集禅修弘法、观光旅游为一体，为社会各界人士提供一处远离喧嚣、放松身心的学佛净心的祈福求平安的休闲胜地。