中国科学院晨兴数学中心成立于1996年6月10日，是由中国科学院及香港晨兴集团
共同出资兴办的。
中心要在前沿领域开拓新的学术方向，促进与国际及港、澳、台等地区的数学交流，促进数学与其他自然科学技术、经济相结合，开创我国数学研究的新局面。中心以专题研究为主要方式，以良好的研究条件和待遇吸引优秀的青年数学家来中心进行访问研究，同时邀请国际上的杰出学者进行讲学和指导，以
普林斯顿大学高等研究所的成功模式为借鉴，办成开放、流动、面向国际的研究机构。
从1996年中心成立起，晨兴数学中心每年在
纯粹数学、
应用数学与计算数学领域里挑选六至九个重要的研究专题，它们一般是国际上当前关注的热点与有生命力的领域。中心的专题还包括了数学物理、概率统计、控制论、金融数学、理论物理等领域。
中心每年邀请全国约一百位优秀学者来中心从事三个月至半年的研究与学术交流工作。其中绝大部分是青年学者。中心每年还邀请五、六位以上的国际一流数学家，数十位国际上的优秀学者来讲学、研究与作学术交流，中心的研究工作与学术交流，为我国填补了一些空白领域。例如算术代数几何，经过中心几年的专题研究，已在国内打下了良好基础，开始做出颇具水平的研究工作。
来访的国内青年学者均深感中心学术气氛浓郁，开阔眼界，是从事学术研究与交流的理想场所，对提高水平大有裨益。中心的许多专题还举行了一些小型的注重实效的国际研讨会.
同时中心成功运用
丘成桐、
杨乐教授在国内外数学界的崇高威望，分别于1998年、2000年、2002年与2004年举行了四次大型的国际学术会议，组织邀请到了国际上数十位一流学者，其中包括了E. Witten、L. Lafforge、R. Borcherds等四位Fields奖得主,S. Hawkings、2004年度
诺贝尔物理学奖D. Gross,以及J. Coates、D. Stroock、S. Osher、J. P. Bourguignon等，还有
张寿武、
林芳华、
刘克峰、
辛周平、
舒其望、候一钊等一批出国深造、颇有成就的华裔教授。特别需要指出的是：
丘成桐教授为2002年在北京成功召开的"国际
弦理论会议"作出了不懈的努力，并通过自己的影响邀请到被誉为当今"活着的
阿尔伯特·爱因斯坦"、世界著名物理学家
斯蒂芬·霍金以及"
菲尔兹奖"奖得主
爱德华·威滕等国际知名科学家前来参加，会议结束后，国家主席江泽民在百忙中亲切会见了霍金等与会的世界著名数学、物理学家，并对会议取得的成功表示祝贺。此次会议在国内学术界与社会上产生了重大影响.
中国科学院晨兴数学中心的工作地点是晨兴数学楼，该楼座落在中国科学院基础科学园区（
中关村五科学院基础科学园区（北京中关村五所大楼院内），它由中国科学院和香港晨兴集团联合出资兴建，由著名的建筑学家
张永和设计（1998年10月竣工）。该楼建筑面积约2200平方米，其造型新颖，结构独特。
1998年12月，晨兴数学楼由路甬祥院长、
陈启宗先生与
丘成桐教授共同揭幕。晨兴数学楼可以提供雅静、舒适的研究空间，使来访学者能够充分发挥其潜能，取得优异的成绩。
晨兴数学楼建有大、中、小学术报告厅6个；办公室28间；客房24间；公共休息室1个；公共计算机房1个；小型图书阅览室1个。学术报告厅配有集中控制的实物投影、音响设备，楼内每一个房间均设置有互联网接口，使整个计算机系统构成统一的局域网，可以方便快捷地与Internet联网，楼内各个房间还配有格调统一的家具以及空调机，可向外地访问学者提供方便、洁净的客房住宿与服务。
2001年5月，香港晨兴集团再次慷慨捐巨资为晨兴数学中心购买的中国科学院青年公寓的30套单元居室房已正式启用，以上这些设施基本上满足了晨兴数学中心科研活动的需要。晨兴数学楼其建筑结构极具特色，整个建筑分成研究区、学术活动区及住宿区，联系方便又相对独立。处于中心位置的学术活动区设有天井及三个平台（
空中花园）可供作休闲休息。