复旦大学附属医院包括复旦大学附属中山医院，复旦大学附属华山医院，复旦大学附属儿科医院，上海红房子医院，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院，复旦大学附属肿瘤医院，上海华东医院，复旦大学附属上海市公共卫生临床中心，上海市第五人民医院，复旦大学附属金山医院，复旦大学附属浦东医院，复旦大学附属静安区中心医院，上海瑞金医院集团闵行医院等医院。

中山医院开业于1937年，设有除小儿科以外的所有科室。

华山医院共设39个临床医技科室。

复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫计委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。在中国医学科学院发布的中国医院科技竞争力排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜。于2017年1月获批成为国家儿童医学中心。连续八次荣上海市文明单位。

妇产科学医院创建于1884年，集妇科学、产科、中西医结合科、计划生育科、新生儿科、乳腺科、妇产科研究所、上海市中西医结合月经病诊疗中心、上海市女性生殖内分泌疾病诊疗中心、上海市集爱遗传与不育诊疗中心、上海市妇科临床质控中心、卫生部妇科四类内镜诊疗技术培训基地等于一身。

眼耳鼻喉科医院创建于1952年，是一所集眼科和耳鼻喉科医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院。

肿瘤医院创建于1931年。设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、腹外科、泌尿外科、妇科学、化疗科、放射治疗科、中西医结合科、姑息治疗科、麻醉科、放射诊断科、医学检验科、药剂科、内窥镜科、病理科、超声诊断科、核医学科等临床及医技科室。

华东医院成立于1951年，拥有胆胰外科中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心、泌尿外科疾病诊治中心、消化内镜中心、老年医学中心、肿瘤诊疗中心、骨质疏松症防治研究中心、影像医学中心、特需医疗中心等特色医疗中心。

上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心是复旦大学附属三级甲等医院。

上海市第五人民医院创建于1904年，有38个临床医技科室，上海市中医临床优势专科中医科（肺病科）、上海市中西医结合重点病种建设项目肾内科（糖尿病肾病）在建中。2012年医院成功创建全国综合性医院中医药工作示范单位，中医科被列为上海市中医优势学科。九个专业获得国家药物临床试验机构资格认定，检验科获ISO15189实验室资质。2016年4月22日，复旦大学附属华山医院与闵行区区卫计委、市五医院签订三方合作框架协议，“华山—五院—闵行”医疗联合体正式成立。医院连续11届荣膺“上海市文明单位”称号。

金山医院集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院。

医院依托复旦大学、牵手华山。

静安区中心医院是一所二级甲等综合性医院，是上海市绿色医院。医院设有临床及医技科室47个，陆氏伤科被列为静安区非物质文化遗产，董氏儿科是上海市中医流派传承基地。

医院于1995年成为淮安市营中社区卫生服务中心综合性医院。

闵行区精神卫生中心是一所承担着辖区精神疾病患者的治疗、康复及社区管理任务的二级专科医院，设有精神科门诊、心理咨询门诊、病房和阿片类物质成瘾社区药物维持治疗门诊。

青浦区中心医院（筹）

青浦区中心医院是一家三级乙等综合医院。医院设有31个临床科室，11个医技科室。

口腔医院是一所集医疗、教学、科研、口腔公共卫生为一体，以医防融合为特色的三级甲等口腔专科医院。

复旦大学附属徐汇医院（筹）创建于1934年，是第四届全国文明单位，国家药物临床试验机构，创建了上海市首家互联网医院-“徐汇云医院”。

2022年12月17日，据上观新闻消息，复旦大学附属医院入选“上海市老年友善医疗机构优秀服务品牌”。

2023年5月，《2022届中国顶级医院100强》名单发布，复旦大学附属医院排名第88位。