菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，是一所三级甲等综合性中医医院。2021年3月，该院被评为抗击新冠肺炎疫情山东省三八红旗集体。

1975年，菏泽市中医医院创建。

1979年，医院正式开诊。

1996年，医院被评定为三级甲等中医医院。

2013年，医院被复评为国家三级甲等中医医院。

医院编制床位1450张，配有西门子股份公司炫速双源CT、西门子1.5T核磁共振、西门子平板大C、医科达（上海）医疗器械有限公司图像引导直线加速器、腹腔镜、宫腔镜、膀胱镜、关节腔镜、椎间孔镜、激光、全自动生化分析仪、全自动尿沉渣分析仪、全自动血气分析仪、化学发光分析仪、日本SysmexCS5100血凝仪等医疗设施。

近年来，医院承担省、市中医药科研计划项目和自选项目60余项，有20余项科研成果获得省、市级科技进步奖。

医院是山东中医药大学非直属附属医院，是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校的教学医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地。

医院设有脑病科、肺病科、消化科、心血管科、血液科、内分泌科、脾胃科、肾病科、外科、骨伤科、肛肠科、肿瘤学、妇科学、产科学、产房、生殖中心、小儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、美容科、嘉善县第一人民医院中西医结合科、治未病科、重症医学科、急诊科、老年病科、针推科、体检中心、特检科、输血科、检验科、放射科、内窥镜、病理科、特慢病门诊、麻醉科、药物临床试验、手术室、砾石科、名中医工作室等临床科室和医技科室。

一、国家级重点专科：儿科、内分泌科。

二、山东省中医重点专科：骨伤科、心血管科、脑病科、针推科。

三、菏泽市中医重点专科：妇科学、脾胃科、肾病科、肝病科、肛肠科、肿瘤学、骨伤科、心血管科、脑病科、针推科、小儿科、内分泌科。

一、优势病种：新生儿肺炎、哮喘、儿童多动症、骨折脱位、颈肩腰腿痛、冠状动脉粥样硬化性心脏病、顽固性心衰、心律失常、脑梗死、脑出血、脑供血不足、癫痫、偏头痛、失眠、吉兰巴雷综合征、神经炎、糖尿病及急慢性并发症、低血糖症、甲状腺疾病、胎漏、胎动不安、原发性肾病综合征、急慢性肾小球肾炎、急进性肾小球肾炎、小动脉性肾硬化症、急慢性间质性肾炎、尿路感染、急慢性肾功能衰竭、肺炎、慢性支气管炎、肺气肿、肺心病、支气管哮喘、支气管扩张、肺间质纤维化、肺栓塞、呼吸衰竭。

二、优势技术：穴位贴敷、推拿、小儿隔药灸、小针刀和针灸刀技术、刮痧、腹针、火针、中药熏蒸疗法、穴位埋线、督灸、脐灸、中药腊肠、现代康复技术、磁疗、中药封包、中药药枕、耳豆压穴、雾化吸入治疗慢性咽炎、子宫全切术、子宫黏膜下肌瘤切除术、附件切除术、卵巢肿瘤剥除术、输卵管妊娠手术、输卵管结扎术、盆腔黏连松解术、经阴道子宫切除术、子宫肌瘤剥除术、阴道前后壁修补术、会阴体成型术、处女膜修补术、各种阴道瘘修补术、无痛可视人流。

2021年9月10日上午，菏泽学院与菏泽市中医医院联合开发中药新药合作协议签订仪式在综合办公楼十楼会议室举行。12月19日，菏泽市中医医院血友病治疗中心正式揭牌。

2021年3月，被评为抗击新冠肺炎疫情山东省三八红旗集体。