孙昌龄（1583年－1651年），字二如，又字念，号元岳，北直隶真定府赵州宁晋县（今河北省宁晋县）人，明朝进士，清朝政治人物。父亲孙大受，生母王氏，继母张姓、樊氏。万历四十七年考中进士。清顺治二年，经举荐，任吏部考功司郎中。

万历四十年（1612年）壬子领乡荐，四十七年，登己未科进士。除山东登州府推官，署理文登县，天启元年本省同考，行取吏部稽勋司主事，四年典试陕西省，冬谢病归。崇祯四年调文选司员外郎，抵夏，力求终养去。八年，晋考功司郎中，移文选司。以事遣戍清源。十六年冬以荐起，补验封司郎中，旋归隐广阿。

清代顺治，给事中孙承泽推荐，担任吏部考功司郎中，二年（1645年）秋七月转尚宝司卿，任山西省乡试考官。顺治三年（1646年）丙戌担任右通政。顺治四年，升任太仆寺卿。次年，升任左副都御史。顺治七年己丑七月七日卒，赠右都御史，谥“恭宪”。