小军舰鸟是大型海鸟。嘴强壮而长，尖端弯曲成钩状。翅长窄而尖，初级飞羽11枚。第一枚初级飞羽最长，形成
尖翅。尾甚长，呈深叉状，跗特短，被羽到趾。趾间有蹼相连，但蹼未发展成满蹼，仅连结趾的一半。中趾特长。身上羽毛厚密。雄雌大小和羽色不同。雄鸟通常略较
雌鸟为小，全身黑色，下体具淡褐色光泽。头和颈部羽毛较长而尖，带铜绿色金属光泽，翅上小覆羽和三级飞羽黑褐色；翼上有一褐色带。颏、喉、喉囊裸露皮肤洋红色，嘴黑灰色，脚黑色，虹膜淡褐色。雌鸟头和颈黑色，背黑褐色．头和颈部羽毛较尖，带有铜绿色光泽，小翅覆羽褐色，在翅上形成一褐色带。脚淡红色。
体长95厘米的暗色军舰鸟。雄鸟：体羽几乎全黑，仅翼上覆羽具浅色横纹，喉囊绯红。
雌鸟：颏及喉灰白，上胸白色，翼下基部无或极少白色，眼周裸露皮肤粉红。
亚成鸟：上体深褐，头、颈及下体灰白沾铁锈色，与
白斑军舰鸟的区别在体型较大，下腹部白色，翼下基部较少白色。虹膜－褐色；嘴－雄鸟青蓝，雌鸟近粉；脚－成鸟偏红，幼鸟蓝色。在营巢地发出嘟嘟的、咯咯的及似卷舌音的叫声。于海上常无声。分布于
热带海洋。繁殖于
海南岛附近海上岛屿、
西沙群岛及
南沙群岛。地区性常见于
南海。偶见于中国南部沿海至
江苏省及
河北省。极少至台湾
兰屿岛。似其他
军舰鸟，但更常光顾海岸线。
大小量度为：体长800-1000毫米，嘴峰
雄性116—130毫米，
雌性130—150毫米，翅长雄性595—603毫米，雌性605—621毫米，嘴峰雄性86．5—89毫米，雌性89毫米，翅雄性516—531毫米，雌性562毫米，尾雄性300—305毫米，雌性338毫米。
小军舰鸟主要栖息于
热带、
亚热带开阔海洋和沿海地带，繁殖期则多栖于海岛。善飞行。主要在空中生活。能长时间的、毫不知疲倦的在空中飞来飞去，常像鹰一样在空中盘旋、翱翔。飞行极为灵活。但不善于游泳，更不会潜水，很少在水面活动。在陆地行走亦较困难。一般亦很少着陆于平地。起飞时需从高处往低处飞。主要以鱼为食。常在海面上低空飞行。
捕食不时跃出水而的
飞鱼科。也捕食飘浮在水面的鱼类废物和其他在海面活动的海洋动物。也常常在空中追赶和胁迫鸥、
鲣鸟科等其他鸟类将捕得的食物吐出来，在当这些食物未落入水中之前，即被它抢走，有时亦偷吃其他海鸟的卵和幼雏。
繁殖期为4一6月，营巢于海岛灌丛上或树上。巢由树枝构成，内垫有草茎和草叶。营巢材料是在飞行中从地上或灌木上采取，也常常偷盗其他海鸟的巢材。求偶时雄鸟极大的使它洋红色的喉囊膨大成半球形，每窝产卵1枚，有时多至2枚。卵白色，大小海65—68×45—16毫米。雌雄轮流孵卵。
早成雏晚成性，刚孵出的雏鸟裸露无羽，但很快即被有厚密的绒羽。
亲鸟用已半消化的食物喂雏。