东南大学吴健雄学院（Chien-Shiung Wu College, Southeast University）成立于2004年2月，学院位于
江苏省南京市，东南大学吴健雄学院是以东南大学杰出校友吴健雄女士的名字命名的人才培养实验特区。2021年9月，获得“江苏省教育系统先进集体”称号。
学院的发展历程最早可以追溯到1985年成立的原
东南大学（东南大学前身）少年班，1990年改称为强化班。2004年，东南大学正式成立吴健雄学院。原强化班改称为“电子信息类强化班”，并进一步开设了“机械动力类强化班”。2007年增设“高等理工实验班”，实行导师指导、优才优育的培养方式。2016年推出工科试验班（
吴健雄班）。
吴健雄学院拥有国家级教学名师、
长江学者特聘教授、杰出学者数十位。截至2017年，从首届少年班约20人的规模，发展为现在每年招生120人左右，现有在校学生近500人。截至2017年底，学院增设了本研贯通、个性化培养的“高等理工实验班”；构建“三制五化”的培养模式，“三制”即“导师制、书院制、完全学分制”；“五化”即“小班化、个性化、国际化、卓越化、本研一体化”。
东南大学吴健雄学院其前身可以迫溯到1985年成立的原
东南大学少年班,靠挂基础学科。1987年6月，少年班改由东南大学无线电系管理。1990年，少年班改称为强化班，生源由单一的少年生扩展为由应届保送生、已录取新生中的优异生和特招少年生共同组成。1996年，强化班改由校教务处管理。
2003年12月底，东南大学决定成立吴健雄学院，旨在巩固原有强化班人才培养的基础上，树立精品教育理念，寻找新的人才培养模式的突破点，使吴健雄学院成为东南大学优秀人才的培养基地、教学改革的试验基地和管理改革的示苑基地。2004年2月，东南大学吴健雄学院正式成立，原强化班改称为“电类强化班”，采用前期大类基础集中培养、后期专业分流的“2+2”培养模式。2004年8月，吴健雄学院开设了“机城动力强化班”。
2007年8月，学院开设了“高等理工实验班”，实行独立编班、导师指导、优才优育、本研贯通、个性化的培养模式。2016年9月，学院推出开放式、个性化培养的“工科试验班(
吴健雄班)”。
自2011 年起，高等理工实验班涉及专业扩展至东南大学吴健雄学院
机械工程、能源与环境工程、信息科学与工程、
土木工程、电子科学与工程、自动化、计算机科 学与工程、生物科学与医学工程、
材料科学与工程、
电机工程学、化学化工、交通、仪器科学与工程等13个工科学院的所有专业。
吴健雄学院拥有国家级教学名师、
长江学者特聘教授、杰出学者数十位，承担教学与导师工作。导师制度做到全覆盖，每年有近百位位高水平教师参与指导，聘请国内外师资开展小班化和研究型教学。学院全面实行导师制，为学生进国家级科技创新平台进行创新能力培养提供良好条件。利用校、院两级资源平台开展多种形式的国际交流培养，为学生迈向更高发展平台打下坚实基础并提供有效支撑。
吴健雄学院始终以“汇聚优质资源，培养精英人才”为办学宗旨，秉持“卓越化、个性化、国际化”育人理念，致力于培养发展志向远大、国际视野宽阔的未来战略科学家、工程科技领军人才和业界高端引领人才。贯彻“厚基础、宽口径、强交叉、重个性”的指导思想，构建“三制五化”的培养模式。“三制”即“导师制、书院制、完全学分制”；“五化”即“小班化、个性化、国际化、卓越化、本研一体化”。聘请国内外优秀高端师资开展小班化和研究型教学。学院全面实行导师制。
截至2017年，吴健雄学院学生获得中国大学生自强之星、全国栋梁之星、宝钢教育基金优秀学生
特等奖、
江苏省十佳青年学生、江苏省优秀学生干部、江苏省三好学生、江苏省先进班集体、江苏省五四红旗团支部等省级以上个人荣誉43项、集体荣誉15项。在国际数模竞赛、Robcup
机器人大赛、挑战杯竞赛、电子设计竞赛、全国英语竞赛等省级以上学科竞赛中获奖621项1196人次，获奖人次占学生人数80%，其中国际奖105项239人次，全国奖203项358人次；一批自主研学项目在各级各类成果展示会上受到社会关注，赢得广泛赞誉；2005年以来学生正式发表论文160篇，申请和授权专利83项、软件著作权3项。
吴健雄学院与
华盛顿州立大学荣誉学院、
德克萨斯州立大学达拉斯分校签署交换生协议，并与早稻田大学、
悉尼大学签署
联合培养计划，开展暑期课程与研究项目，每年还聘请外籍教授为学生开设全英文系列研讨课。2017年至2023年期间，由国家留学基金委、学校或学院资助，在校本科生出国（境）学习交流人数近300位。
吴健雄学院绝大多数毕业生迈向更高平台深造，其中接近三成毕业生进入美国
斯坦福大学、
加利福尼亚大学、
宾夕法尼亚大学、
哥伦比亚大学、多伦多大学等国际一流大学深造。近六成毕业生进入
清华大学、
北京大学、中国科技大学、
复旦大学、
浙江大学、
上海交通大学、
东南大学和
中国科学院相关院所等著名大学和科研机构继续攻读学位。学院毕业生中相当一部分已经在科技、经济、社会管理等各个领域取得突出成就。