1605年,板仓重昌被任命为从五位下内膳正,与松平正纲、秋元泰朝一起成为
德川家康的近习出头人。
1637年12月9日~12日,幕府先后接到
岛原市、天草农民起义的消息,急派板仓重昌为幕府专使,赴九州镇压起义军。板仓到达九州后,对起义军发动两次进攻,均告失败。因此,幕府再派
松平信纲前往九州督战。获此消息后,板仓感到幕府对自己不信任。
1638年
元旦,在
松平信纲到达九州之前,板仓对原城起义军发动了突击进攻。在原城义军的奋力抗战下,板仓军队大败,损失三千九百余人,他本人也被叛军将领驹木根友房用铁炮射中眉心而阵亡。他的儿子板仓重矩继任家督之位。
松平信纲到达九州后,以板仓的失败为教训,改变战术,围而不攻,企图等待城中粮尽,义军自动瓦解。与此同时,幕府居然乞求荷兰人炮击原城,仍不凑效,而这种乞求外援背叛民族的行为遭受义军的唾骂与不齿。幕府想尽办法,
天主教的旗帜仍然飘扬在原城城头。