青墩遗址分布面积约7万平方米，为江淮东部面积最大、
文化层堆积最厚且保存最完好的
新石器时代遗址。遗址四面环水，环境优美，地域文化特征独特，文化遗迹、文化遗物十分丰富，且代表了江淮东部地区独特的原始文化，为江淮东部最重要的新石器时代遗址之一。
1973年8月，
江苏省南通市海安县沙岗公社青墩大队为建居民点，开挖了一条纵贯全村、长236米的青墩新河。开挖河道时，发现大量陶器、石器、
骨器和
麋鹿骨角、兽骨等古代遗物。
1976年春，
南通博物苑派人到青墩调查，采集、征集了一些出土遗物，其中有不少属于
良渚文化的玉璧、
玉琮、玉坠、
玉环市等玉器。1977年11月，南通博物苑组织相关人员在青墩新河边开了两个
探方，发现了罐、盆、釜、钵、鼎、豆等陶器和大量兽骨化石。
1978年春天，国家文物局和
文物出版社在南京召开长江下游新石器时代文化学术讨论会，南通博物苑的代表在会上出示了他们在青墩的发现，引起与会者的高度重视。
1978年4—5月、1979年4—5月，
南京博物院、
南京大学会同
南通市、无锡、
连云港市的考古人员连续两年，对青墩遗址进行了面积达490平方米的大规模发掘，出土新石器文物1000余件。
青墩遗址有三个
文化层，中、下两层文化的年代大致分别为距今5000—5500年（公元前3000—公元前3500年）和5500—6000年（公元前3500—公元前4000年），上层已属
良渚文化时期，距今应在4500—5000年（公元前2500—公元前3000年）之间。
青墩遗址下层9个
探方都发现有不少数量的保存尚好的建筑木构件和柱洞遗迹。其中建筑木构件有木桩、圆木条和小板等。在第15号探方内，即发现木桩和圆木条达32根之多。木桩的下部多数从四面砍削成网锥形，少数从一面砍 成陡直的斜面。这些木桩一般都竖直地捕入最下层的青沙生土内。圆木条和
实木板也是人们加工了的建筑构件，有些圆木条端部还有砍凿来的卯榫。竖立的木桩可能是当时“干栏式”房屋的下部木架结构部分；圆木条和木板则可能是屋顶、墙壁和地板的残余。
青墩遗址的墓葬分布十分集中，发掘的98座
新石器时代的墓葬全部在T5，T7—T15的10个
探方内，应是公共墓地。墓葬一般为浅坑掩埋，均为长方形
竖穴土坑墓，墓坑一般只能容纳尸体和随葬品。青墩遗址墓葬以单人葬为主，大都是仰身直肢葬。墓葬头向有很强的趋同性，大部分向东，头向的一致反映了某种共同的信仰，头向向东似与
太阳崇拜有关。
青墩遗址发掘出的主要是石器、玉器、
骨器、陶器及大量动植物化石。石器有穿孔石斧、石、石凿等。陶器有夹砂褐陶和泥质灰陶、黑陶、
红陶四个陶系；骨角器有骨链、骨镖、骨凿、骨、骨
扳指和角锥、角耒、角纺轮等，以及刻纹鹿角；玉石器有石斧、石锛、石凿、石铲、石锄和纺轮、装饰玉器等，并出现仿石斧制作的带柄陶斧；此外还有
干栏式建筑和偏梗型
碳化稻谷遗迹。
中原地区考古界曾困惑于“长江以北、运河以东地区的文明史从何时算起”，而青墩遗址的发现就回答了这一问题”。青墩遗址是一处
新石器时代的遗址，经过对下
文化层出土木桩进行碳14测定，这一遗址距今5035±85年（树轮校正值5645±110年）。在这之前，对这一地区的历史起源，相关志书一般从
西周算起，距今2000多年。而青墩遗址的发现，使海安及其相邻地域的文明史向前推进了3000多年，同时为确认江淮东部存在独立的原始文化提供了有力的佐证。
中原地区最早的“干栏式”建筑遗迹是在
余姚市河姆渡遗址中发现的。而在海安青墩发现的大量建筑木构件和柱洞遗迹表明，五六千年前
长江北岸的青墩古人已和浙江河姆渡古人一样掌握了“干栏式”建筑技术。