台湾总督府，是中日甲午战争后，1895年（明治28年）日本设置的统治台湾的机构，最初总督只限于陆海军大将或中将担任，全权管理民政、军政和军令，1918年（大正8年）开始废除武官总督制，开始任命文官为总督，另设台湾军司令一职管理军队。在这期间，日本的基本方针是镇压台湾人民的反抗，采取同化政策，把日本的习俗和法制渗透到台湾居民中间去，另一方面，使台湾成为日本资本主义的殖民地，使之成为一个制糖中心并保证供给日本的大米、樟脑、木材等。不允许台湾居民请愿成立议会，1945年（昭和20年）日本战败，该机构废除。

台湾总督府，设于1895年，是台湾日本占领时期的最高统治机关，其首长是台湾总督。台湾总督府的办公处所位于今台湾省台北市重庆南路与凯达格兰大道交叉口，台湾当局“总统府”。该建物自1912年6月1日开工，于1919年3月完工，历时8年，耗费281万日圆﹔现今仍是台湾当局的“国定古迹”“。

总督府的组织特色为“总督专制”，身为总督府主官的台湾总督，总揽行政、立法、司法等大权，形成总督专制的政体。不管1896年发布的六三法及后来1906年三一法或1921年法三号，日本台湾地方政体皆采委任立法制度，总督府为当然中央机关。而一般政策形成过程，通常是由总督府内的技术官僚制定法律政策后即授权台湾总督以“总督府令”命其中央机关、所辖官署或地方政府执行政策。也因此，总督府辖下机关，尤其是地方行政机关的政策实行深具人治色彩，所有行政官员皆只以执行法律及管理行政为主要事务，各级地方行政机关缺乏自主。

另外，地方行政基层系以警察为中心。除了一般治安维护业务外，举凡社会主义、结婚生子、户口管理，还有罂粟管理、公共卫生、征收税金、物资分配、地政调查等等，统统都是警察的业务。

台湾总督府成立初，设民政、陆军、海军三局。民政局下置内务、殖产、财务、学务四部（在乙未战争期间，曾短暂命高岛丙之助为副总督一职，他也是50年日本殖民时期唯一的副总督）。1896年，陆海军两局合并为军务。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。经历1898年、1901年、1919年三次修订总督府官制后，就成形不再变更。而不管怎样变动，约略来说，日本殖民时期台湾总督府的行政组织分为 中央行政、所辖官署与 地方行政三大部门。

以1945年来作说明，中央行政方面：总督之下有其左右手，在1919年之前，称为民政长官（或称民政局长官），1919年之后称为总务长官。另外，中央行政部门编制有总督官房与五局二部等机关。

台湾总督是指台湾受日本帝国主义占领统治时，由日本政府所指派的总督。大清帝国因为中日甲午战争战败，在1895年将台湾割让给日本，1945年日本于第二次世界大战中战败，日本放弃对台统治，日本占领结束，台湾回到中国怀报。在1895年到1945年之间的半个世纪当中，日本政府共派任了19个总督，可以依其对台统治原则来划分为以下三个时代：“前期武官总督”、“文官总督时代”、以及“后期武官总督”。

实际上，无论是前期以军人为主的武官总督，或是大正及昭和年代初期来台的文官总督，还是后期军人当政的日本内阁所派任的总督，一般来说，当时在台湾，台湾总督就是拥有行政权、军事力量、和立法权的绝对权力者。透过台湾总督府官署系统，日本殖民时期的台湾总督几乎掌控所有行政资源。此外，总督尚可随意任命和左右法官、检察官并镇压岛内反对力量。

台湾于1945年10月25日举行受降典礼，并归于国民政府统治，但台湾总督府的官制至1946年5月31日方正式废止。台湾的“总督府”后用来当成“总统府”。

初期武官总督时代：第1—7任

文官总督时代：第8—16任

后期武官总督时代：第17—19任

日本殖民时期最著名的民政长官后藤新平。初名为民政长官，1918年8月20日改名为总务长官——总督府各项政策的实际执行者，1919年8月20日改名为总务长官。

总督府评议会（咨询机构）

总督官房：秘书官室、审议室、人室课、文书课、地方监察课、情报课

警务局：庶务系、警务课、经济警察课、兵事课、防空课、警备课、保安课、卫生课（含罂粟瘾者矫正所）

农务局：庶务系、农务课、耕地课、山林课、水产课、商政课、食粮部、兽液血清制造所 财务局：庶务系、主计课、税务课、金融课、会计课、营缮课

文教局：庶务系、教学课（含博物馆、台湾神宫临时营造事务局）、救援局、国民精神研修所

矿工局：总务系、国民动员课、工业课、矿务课、电力课、土木课、地质调查所

外事部

法务部

所辖官署则有高等法院（名称为总督府高等法院，以下正式名称均如此例冠上“台湾总督府”）、地方法院、专卖局、港务局、交通局、林业试验所、评议会……。其“局会所”辖下又设“部”、“分局”，“分所”等，属下机关。（例如台湾总督府交通局铁道部）

法院— 高等法院 — 地方法院

高等法院检察局 — 地方法院检察局

供托局— 出张所

交通局— 总务课

铁道部— 列车课、自动车课、施设课等 港务局— 基隆港务局、高雄港务局

专卖局— 食盐樟脑课、烟草课、酒课、各工厂等

气象台

台北帝国大学（含各研究所）、台北经济专门学校、台中农林专门学校、台北高等学校、台北工业学校、师范学校（含附属国民学校）

图书馆

少年救护院

医院

刑务所分所

农业试验所

林业试验所

工业试验所

糖业试验所

水产试验所

天然瓦斯研究所

警、狱官训练所

其他机关

振兴局— ·州 — 知事官房、总务部、产业部、警察部、其他

厅 — 总务课、勤业课、警务课、税务课、其他

地方行政则设州与厅，州厅以下置市、郡、支厅。

1895年6月17日，总督府在台北市举行“始政式”。因台湾各地仍有抵抗，日本中央政府之内阁总理于7月18日宣布台湾仍实行军政，8月6日格局陆军省命令，台湾总督府改组为军事官衙。1896年4月复归民政，以《台湾总督府条例》规定：于台湾置台湾总督，管辖台湾及澎湖列岛；总督由日本天皇亲自任命，以陆军大将或中将充任，在日本内阁拓殖大臣监督下统理政务；总督之下设民政、军务二局。民政局分总务、内务、殖产、财政、法务、学务、通信7部。1897年10月，总督府内部除设陆军幕僚、海军幕僚之外，设，民政局与财务局。

1898年儿玉源太郎总督莅任，6月总督府改组，废除民政局与财务局，改设民政部，掌行政、司法，首长为民政长官，另设审议、立案之参事官长，后藤新平、石冢英藏分别担任民政长官和参事官长。1901年民政部改组，设警察本署及总务、财务、通信、殖产、本土5局、1905年废参事官长专任制，改以总务局兼任参事官长。

1919年（大正8年），总督府官制进行重大调整，将总督由武官人用的条件废除，另设台湾军司令官专责军事，台湾总督府专理民政。1945年（昭和20年），除总督府官房外，共有文教局、财务局、矿工局、农商局、法务部、外事部。

1942年，基于日台行政一体化，规定日本内阁内务大臣为监督台湾总督府，对台湾总督拥有指示权。内阁总理大臣及各省大臣也得以就具体事务进行指导。

日本殖民时期共任命19位台湾总督，前期（1895年—1919年）以炉具或海军中将、上将担任，称为武官总督，包括桦山资纪、桂太郎、乃木希典、儿玉源太郎、佐久间左马太、安东贞美、明石元二郎共7位；中期（1919年—1936年）以出身政友会、宪政会、民政会等政党的文人出任，称为文官总督，包括田健治郎、内田嘉吉、伊多喜男、上山满之进、川村竹治、石冢英藏、太田政弘、南弘、中川健藏共9位；后期（1936年—1945年）因时局需要而改任武官总督，包括小林跻造、长谷川清、安藤利吉共3位。

1945年日本战败投降后，总督府在台湾省行政长官公署陈仪、台湾总督安藤利吉的监管下，执行交接与善后工作，完成日军与日人的遣送、日产汽车公司移交处理等任务，1946年5月30日，总督府正式废除。