《新龙门客栈》的剧情发生在明朝末年，
魏忠贤的东厂势力掌握了朝廷大权，引发了天下的不满。天山神社传人周淮安、侠女
邱莫言、信王
朱由检结盟，计划推翻魏忠贤的暴政。为了阻止
朱由检登基后有可能铲除魏忠贤势力，东厂派出刺客追杀朱由检。朱由检在逃亡途中，与周淮安和邱莫言相约在龙门客栈相会，共同商议对策。
三人抵达龙门客栈后，却发现客栈掌柜金湘玉是个亦正亦邪的人物。她一开始想利用周淮安等人，但后来却被他们的勇气和正义所感动，开始帮助他们对抗东厂势力。在
客栈中，周淮安和邱莫言的感情逐渐升温，而金湘玉也爱上了周淮安。然而，朱由检为了登上王位，背叛了周淮安等人，将他们作为棋子使用。最终，周淮安、邱莫言和金湘玉联手，揭露了朱由检的真面目，并打败了他的势力。
魏忠贤也被揭露并被处理。周淮安和邱莫言决定离开江湖，与金湘玉一起经营龙门客栈。
明朝
天启年间，宦官
魏忠贤（
李立群 饰）专权擅国，利用执掌特务暗探机关--
东厂的权利，大肆搜捕和迫害不顺从自己的朝中大臣，诛杀异己。
御林军总教头周淮安（
马景涛 饰）和侠女邱莫言（
陈红 饰）同信王朱由检（
郭晋安 饰）结盟，里应外合想要推翻魏忠贤的暴政。得知了他们的计划，魏忠贤派出刺客想要除掉朱由检，信王不得已只好施计出走皇宫，与周、邱众
侠士相约于大漠龙门客栈会面，另图反击大计。
在魏忠贤调派大军追杀信王、直捣龙门客栈的危急时刻，周淮安等人正被困在客栈女当家、黑道煞星金湘玉的手中。金湘玉是大漠名闻的女中豪杰，半正半邪，行事只凭自己的心意，不顾礼节规范。周淮安落在金湘玉手里后，起初并未受到注意，被随意安置在客栈内。后来，周
淮安区遇到了红颜知己
邱莫言，邱莫言出身名门，和周淮安是世交好友。二人相遇后，更加情投意合，相互扶持。这时金湘玉才目睹了周淮安真正的才貌，心头为之动容，开始对周淮安产生倾心之情。周淮安身处邱莫言和金湘玉二人之间，深受美人恩情难以消受之苦。他与邱莫言有着深厚的感情，但金湘玉的热情和深情也让他难以割舍。在这样的紧急关头，周淮安、邱莫言和金湘玉必须联手对抗
魏忠贤的大军。
在龙门客栈一役中，周怀安与年少知己常言笑重逢。两人最初都抱着一份打倒东厂的理想，然而，潜伏在东厂当卧底的常言笑逐渐被权势的诱惑所侵蚀，成为一个比魏忠贤更具野心的东厂督公。与此同时，登上皇位的信王朱由检对劳苦功高的周淮安产生怀疑之心，深恐周淮安功高盖主。再加上感情上的挫败，使他对周淮安生出怨恨。在这种背景下，周淮安在金湘玉、
邱莫言二女的情网中愈渐难以抽身。
最终，他们联手打败魏忠贤，常言笑死在了周淮安的剑下。
周淮安回到龙门客栈。在无尽等待中无望悲哀的金湘玉喜极而泣，这对历尽磨难的有情人终于拥抱在了一起。
《新龙门客栈》制作人
杨佩佩是台湾金牌制作人。曾参与《笑傲江湖》《
倚天屠龙记》《
神雕侠侣》等武侠片制作。杨佩佩女士有二十年制作电视剧的经验，曾制作的电视剧节目超过一千小时。她所制作的电视剧题材多元化，有扣人心弦，气势磅礴的
历史剧；有武打奇幻，侠气纵横的武侠剧；有轻松活泼，反映现实的时装剧；有刻画人性，缱绻缠绵的爱情剧。
导演
赖水清，出身于
香港特别行政区无线电视台，从演员训练班毕业开始，跑龙套，剧务、助导、导演、监制一路走下来，1986年，赖水清成为第一批来内地拍片开拓市场的香港导演之一。曾导演过《
倚天屠龙记》《
神雕侠侣》《绝世双骄》等武侠片。
该剧对电影做了颠覆和延伸，剧中大反派变成了
李立群饰演的魏忠贤，而且还是金镶玉的亲生父亲；
邱莫言不但未死，反而与
郭晋安饰演的
朱由检走到一起，却难逃命运捉弄。此外，该剧的对白意味深长，常常一语双关，金句频出。
杨佩佩希望以此剧打造风格化的新武侠，人文色彩盖过快意恩仇，也因此在当年引发诸多争议。（
新浪娱乐评价）
该剧由
马景涛、
夏文汐、
陈红、郭晋安、
关礼杰等主演。马、陈、郭这三位观众都已十分熟悉，扮演“龙门客栈”老板娘
金镶玉的夏文汐在内地却鲜有人知。很多人都预言，有
张曼玉珠玉在前，此人就算演技再好也势难突破。不料就是她，最后把金镶玉这个《新龙门客栈》中最有分量的角色演得光彩熠，别有特色。此外，该剧并没有像一般电视剧那样“节约成本”，英雄的侠骨和美人的柔情在万马奔腾、沙尘滚滚的战争场面中更显浪漫。（金羊网评）